内藤 頼敦（ないとう よりあつ、? - 文化6年10月8日（1809年11月15日））は、信濃国高遠藩内藤家の嫡子。第6代藩主・内藤頼以の長男。高遠藩嫡子として生まれたが夭逝する。頼敦没後は、次弟の頼容が嫡子となった。

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