1999/2000 ISUジュニアグランプリシリーズ（1999/2000 ISU Junior Series of Figure Skating）は、国際スケート連盟が承認するフィギュアスケート・アイスダンスにおける1999-2000年シーズンのISUジュニアグランプリの総称。当シリーズでは、8大会での総合成績が上位となった男子シングル、女子シングルの各8人とペア、アイスダンスの各6組がJGPファイナルに進んだ。

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