『ポケモン不思議のダンジョン 時の探検隊・闇の探検隊』（ポケモンふしぎのダンジョン ときのたんけんたい・やみのたんけんたい）は『ポケモン不思議のダンジョン 青の救助隊・赤の救助隊』の続編として2007年9月13日に発売されたダンジョンRPG。ニンテンドーDS用ソフトであり『時の探検隊』と『闇の探検隊』の2つのバージョンのソフトが登場した。マイナーチェンジ版である『空の探検隊』および短編テレビアニメ版・漫画版についても本項で解説する。前作『青の救助隊・赤の救助隊』の後に発売された『ポケットモンスター ダイヤモンド・パール』からの要素が多数加わっており、登場ポケモンは490匹以上。両バージョンの違いは出現するポケモンと道具、そして出現率が異なる。別バージョン同士の通信が可能。前作では一部のポケモンにしかなかった顔グラフィックが全てのポケモンに数種類用意されている。ストーリー展開は、前作と同様に全体としてはギャグが多数織り込まれているものの、要所においては非常にシリアスなストーリーとなっている。また、テーマの一つとして登場キャラクターたちとの友情や信頼の構築とともに「本当の悪人はいない」というものがあり、心の善悪の二面性やそれぞれの立場による正義の変化などにまつわるエピソードも盛り込まれている。予約特典として、杉森建によるオリジナル漫画や開発者インタビューが掲載されたスペシャルガイドブックがその場でもらえた。オールカラーで全80ページ。時と闇で表紙デザイン等が多少変わるが、内容はほぼ同じである。ゲーム中BGMの作曲編曲には、前作も担当した飯吉新のほか、株式会社ノイジークロークのいとうけいすけや坂本英城などが参加している。2007年10月に2バージョン合計の売上でミリオンセラーとなった。日本ゲーム大賞2008年度優秀賞受賞。前作と大きな相違点はない。前作同様倒すことにより一定の確率で仲間になるが、『ともだちエリア』システムが廃止された。そのため前作よりは仲間を作りやすくなっている。前作との相違点は仲間になったあと同じダンジョン内で「チームからはずす」を選んでも「チリーン編成所」に送られることと、チーム編成の条件（体の大きさの☆6まで）を超えても仲間になることは可能（チリーン編成所に送られる）なことである。その他にも依頼をこなすと依頼主が仲間になることや、依頼の報酬により受け取るタマゴから生まれたポケモンを仲間にできることもある。前作に登場したアイテムは全て登場し、一部は効果・グラフィックが変更されている。今作初登場のアイテムもある。前作では秘伝マシンだった『ダイビング』は、ダイヤモンド・パールより秘伝技ではなくなった事に準じて通常のわざマシンとなっている。なお、セカイイチはイベントでプクリン親方が持っている以外に、プレイヤーが直接持つことは出来なくなっている。基本的には『ダイヤモンド・パール』に準拠していて、「ぶつり（物理）」・「とくしゅ（特殊）」が技ごとに設定されているが、一部『ルビー・サファイア』までのタイプ依存が残されている要素もある。前作に登場した「しんくうぎり」「すいへいぎり」は今作にも存在する。ちなみに前作で可能だった同じ技の重複習得は不可能になっている。今作にもわざの『連結』が存在するが「れんけつばこ」が高価でほとんど出現しない上に「エレキブル連結店」でも500ポケかかるなど、前作よりも『連結』する条件が厳しくなっている。とくせい（特性）は基本的に本編ゲームに準拠しているが、一部のものは効果が変更されている。前作同様本編ゲームで2種類の特性を持つポケモンは本編と違って両方の特性が適用される（本編ゲームではどちらか一方）。今作もグミを使って「かしこさ」をあげることができるが、ポケモンの種類によって習得できるかしこさの種類が異なるようになり大きく10のタイプに分けられ（ディアルガ、パルキアとダークライはそれぞれ独立したグループ）、似た系統がなくなったため発動させられないかしこさはなくなった。また持っているタイプの多さで上がるかしこさの量に違いは出ず、グミ自体でも上がるかしこさは少なくなっている。今回はダンジョンもしくはそれ以外のフィールドでグミを食べさせるようになっているが、どちらの方法をとってもあまり違いがみられなくなっている。また、「おいしいミツ」という道具でもかしこさを上げることができるようになった。前作同様「あなぬけのたま」で脱出した場合は持っている道具はなくならない。リーダー・パートナーが倒された場合はポケが全額(空の探検隊では半額)、道具がいくつかなくなり冒険失敗となる。また、パートナー以外の倒されたメンバーはチームから外れチリーン編成所に送られる（ギルド卒業後はパートナーが倒されてもチームから外れチリーン編成所に送られるだけ）。パスワード救助・ワイヤレス通信を利用した救助と、今作では「ニンテンドーWi-Fiコネクション」を利用した救助が可能。Wi-Fiコネクションを利用した救助は基本的に誰でも受け取ることが出来るが、「ともだちコード」を登録した相手のみが受け取り可能にする設定もできる。今作の「ふしぎなメール」には、「お尋ね者からアイテムを取り返す」や「依頼人が仲間になることがある」といった、前作には存在しなかったタイプの依頼も存在する。また「ふしぎなメール」を使うことで、時の探検隊でしか現れないポケモンを闇の探検隊でも、また闇の探検隊でしか現れないポケモンを時の探検隊でも現れるようにできる。前作同様、パスワードを利用することによってインターネット等で他のプレイヤーと同一の依頼を受けることが出来る。また、「ニンテンドーWi-Fiコネクション」上では特別な依頼が配信されていた。これらのポケモンは主人公やパートナーと特に親密に関わっていく事になり、お互い励ましあい助け合いながら物語の数々の困難に立ち向かっていく。本作の舞台は、ポケモンだけが暮らす世界である。『ポケモン不思議のダンジョン 空の探検隊』（ポケモンふしぎのダンジョン そらのたんけんたい）は、時の探検隊・闇の探検隊のマイナーチェンジ版として、2009年4月18日に発売されたダンジョンRPG。2007年9月9日にポケモン☆サンデー内で放送。また、あにてれのポケモンのコーナーにて、2007年9月13日～9月30日の間、Yahoo!Japanの「Yahoo! きっず ポケモン」にて2007年9月20日〜10月31日と、『空の探検隊』の発売を記念した2009年3月13日〜5月29日の間、動画の無料配信が行われた。また、2009年5月にはキッズステーションでも放送された。『空の探検隊』発売目前記念として、2009年4月12日にポケモン☆サンデー内で放送された。また、その後に前アニメと同様インターネット上にて「Yahoo! きっず」のほか、「あにてれ」や「ひかりTV」、Wiiの「みんなのニンテンドーチャンネル」などでも配信された。2009年5月にはキッズステーションでも放送された。2007年放送分の続編で、原作におけるChapter-19「まぼろしのだいちへ」をモデルとしたストーリーである。BGMも大部分がゲームの同場面で使用されたもののアレンジとなっている。ポッチャマ・ヒコザル・ジュプトル・プクリン・キマワリ・ペラップ・ヘイガニは前作とキャストは一緒。漫画雑誌「別冊コロコロコミック」2007年10月号から2008年8月号まで、本作を元にした漫画『ポケモン不思議のダンジョン 炎の探検隊』が連載されていた。漫画は前作の『ポケモン不思議のダンジョン ギンジの救助隊』と同じく溝渕誠。2008年8月28日に小学館から「てんとう虫コロコロドラゴンコミックス」として単行本も発売された。全1巻（ISBN 4-09-140670-X）。ヒコザルとなってしまった元人間の主人公ホノオが、パートナーの気弱なワニノコと出会い、炎の探検隊を結成するというストーリー。

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