第3回ジャパンフットボールリーグは1994年度に開催されたジャパンフットボールリーグ（JFL）のリーグ戦である。セレッソ大阪が優勝した。今シーズンから2部制を廃し16クラブによる一つのリーグ戦として開催される事になった。今シーズンは柏レイソルの他にセレッソ大阪、PJMフューチャーズ、京都パープルサンガが準会員として新たに承認され、4クラブによる昇格争いに焦点が当たったが、最終的にC大阪と柏が日本プロサッカーリーグ（Jリーグ）への昇格を果たした。また今シーズンは1994 FIFAワールドカップ開催に伴い、6月の第15節終了後、2か月程度の休みが取られた。このうちNEC山形サッカー部が地域リーグからの昇格クラブである。3クラブが組織変更し、ヤンマーディーゼルサッカー部はセレッソ大阪に、中央防犯サッカー部は中央防犯FC藤枝ブルックスに、京都紫光サッカークラブは京都パープルサンガになった。

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