三上陣屋（みかみじんや）は滋賀県野洲市三上（近江国野洲郡）にあった三上藩の藩庁である。元禄11年（1698年）、譜代大名の遠藤胤親が近江国内で1万石を与えられ、野洲郡三上に陣屋を構えた。遠藤氏は美濃国郡上八幡城主であったが、元禄5年（1692年)に常久没後に改易とされたが、親族の旗本白洲氏の子息を一旦大垣藩戸田氏の養子とした上で、改めて遠藤氏相続としてお家再興が実現した。その後、遠藤氏は大番頭として、二条城、大坂城の城定番を勤めている。元禄13年（1700年）近江三上に移封され、陣屋を構えた。第5代藩主で若年寄の遠藤胤統は功績を認められて2千石の加増をうけた。第6代藩主の胤城（たねき）の時、明治維新を迎えている。明治3年（1870年)に和泉国吉見に移っている。陣屋址は現存しない。滋賀県湖南市岩根の常永寺山門に陣屋表門が移築現存している。また、民家に陣屋裏門が移築現存している。将軍上洛御殿の一つである、永原御殿が草津市の芦浦観音寺書院に移築されている（重要文化財）。

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