2006 FIFAワールドカップの予選には、205のFIFA加盟国のうちジブチ、プエルトリコ、ブータン、ブルネイ、カンボジア、フィリピン、コモロ、ミャンマー（除外処分）を除く197の国・地域がエントリー（開催国ドイツを含む）し、その後グアム、ネパール、中央アフリカが棄権し194の国・地域が参加した。1次予選の組み合わせ抽選は2003年12月5日にドイツのフランクフルトで行われ、2004年1月から各地で1次予選が始まり、2005年11月に出場32か国が出揃った。前回大会（2002年の日韓大会）までは、大会開催国（日韓大会では日本と韓国）及び、前回大会優勝国（日韓大会では1998年のフランス大会のフランス）に予選免除の特別出場枠が与えられていたが、予選免除に伴うデメリットの懸念や予選枠拡大を理由として、今大会からは前回大会優勝国の予選免除出場枠が廃止となった。このため、前回大会（2002年日韓大会）優勝国ブラジルも予選から参加することとなった。また、今大会の予選で勝ち点が並んだ場合は得失点差ではなく、当該チームの直接対決で上回ったほうが上位になることになった。これが適用されたのがアフリカ予選グループ4で、アンゴラとナイジェリアが勝ち点が並び、得失点差はナイジェリアの方が上回っていたが、直接対決がアンゴラの1勝1分だったため、アンゴラが本大会出場権を獲得した。当初は36チームへの拡大も検討されたが、財政や健康面の問題などで頓挫した。また、当初あったオセアニアへの1枠も返上された。UEFA出場枠 : 13 + ドイツ（開催国）CONMEBOL出場枠 : 4.5CONCACAF出場枠 : 3.5CAF出場枠 : 5AFC出場枠 : 4.5OFC出場枠 : 0.5大陸間プレーオフはホーム・アンド・アウェー方式で行ない、勝ち点の多いチームが本大会へ出場する。勝ち点が同数の場合総得点で、総得点も同数の場合アウェーゴールの数で決める。オーストラリアが出場権を獲得。トリニダード・トバゴが出場権を獲得。

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