古在 由直（こざい よしなお、1864年1月28日（文久3年12月20日） - 1934年（昭和9年）6月18日）は、日本の農芸化学者。山城国京都千本通二条上る（現・京都府京都市中京区）の柳下家に生まれ、母の実家・古在家の養嗣子となる。1886年（明治19年）、駒場農学校（東京大学農学部の前身）農芸化学科を卒業。1889年（明治22年）、東京農林学校教授に就任し、1890年（明治23年）、帝国大学農科大学助教授に就任する。1895年（明治28年）、ドイツのライプニッツ大学に留学し、1899年（明治32年）、農学博士号を取得する。帰国後の1900年（明治33年）、東大農科大学教授に就任。1920年（大正9年）、東大総長に就任し、1925年（大正14年）、総長に再選。父は京都所司代の与力を務めた柳下景由、母はその妻で古在弥五兵衛の長女・良子。由直は母方のおじ・古在卯之助の養嗣子となる。妻・豊子は清水貞幹の長女。清水紫琴の筆名で自由民権運動の活動家・小説家として活動した。由直・豊子夫妻は4男1女をもうけるが、三男と長女は夭折。長男・由正は東洋史学者・幣原坦の次女・澄江と結婚。次男・由重はマルクス主義哲学者。天文学者の古在由秀は由正・澄江夫妻の長男（従って由直の嫡孫）にあたる。

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