村上水軍博物館（むらかみすいぐんはくぶつかん）は、愛媛県今治市宮窪町にある博物館である。2004年にオープンし、中世に瀬戸内海を中心に活躍した村上水軍の一族であった能島村上氏の資料や関連する書籍などを保存している。3階には展望室が設けられており、瀬戸内海を眺めることができる。また、屋外には村上水軍が利用した船舶が復元され展示している。博物館前からは能島、見近島の周辺などを回る潮流体験船が運航されている。

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