第78回天皇杯全日本サッカー選手権大会（だい78かいてんのうはいぜんにほんサッカーせんしゅけんたいかい）は、1998年11月29日から1999年1月1日まで開かれた天皇杯全日本サッカー選手権大会である。Jリーグ所属の全18クラブ、ジャパンフットボールリーグ（旧JFL）所属クラブのうち予選が免除された11クラブに加え、関東（4校）・関西（2校）の大学チーム代表と、各都道府県から予選を勝ち上がった47チーム、あわせて前回大会より1チーム増の82チームが本大会に出場した。参加全82チームのうち、都道府県代表、大学代表、JFL代表の64チームが1回戦から出場、Jリーグクラブについては、同年の1stステージで15―18位だった下位4クラブ（京都パープルサンガ、コンサドーレ札幌、ヴィッセル神戸、アビスパ福岡。いずれも1996年以降Jリーグに新規加盟した4クラブ）が2回戦、それ以外のJリーグ14クラブが3回戦からそれぞれシードされ登場する方式であった。1998年シーズン限りで横浜マリノス（合併後に横浜F・マリノスに改称）に吸収合併された横浜フリューゲルス（横浜F）が決勝で清水エスパルスを下し、クラブ最後の大会で優勝した。

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