三宝院（さんぼういん）は、京都市 伏見区 醍醐にある。真言宗醍醐派総本山醍醐寺の塔頭、大本山、門跡寺院である。また、真言宗系の修験道当山派を統括する本山であった（現在は修験道当山派なる宗教法人はない）。三宝院門跡は、醍醐寺座主を兼ね、真言宗醍醐派管長の猊座にある。永久3年（1115年）、左大臣 源俊房の子で醍醐寺14代座主勝覚が灌頂院（かんじょういん）として開き、後に仏教の三宝にちなんで現在の名に改めた。康治2年（1143年）に鳥羽上皇の御願寺となっている。　鎌倉から南北朝時代にかけて、成賢（7世）・憲深（11世）・賢俊（21世）と高僧を輩出し、足利尊氏から厚く保護された。賢俊の没後、三宝院の急激な台頭に対する醍醐寺内部を含む内外の反発の動きを受けて光済（22世）が配流されるなどの苦難を受けるが、応安7年/文中3年（1374年）になって足利義満が三宝院23世である光助を室町幕府の祈祷を行う武家護持僧の管領役に任じたことから幕府の中でも特別な扱いを受けた。25世満済は「黒衣の宰相」とも呼ばれ、応永3年（1396年）に足利義満の猶子となって醍醐寺座主に任じられ、続いて准三后となり、後には足利義教の室町幕府将軍擁立にも活躍するなどした。以後、歴代院主が醍醐寺座主を兼ねる慣例が成立する。また、古くから醍醐寺は真言宗系の修験の中心であったが、この頃から三宝院が真言宗系の修験者・山伏の取締にあたるようになる。応仁の乱で三宝院が焼失し、廃寺同然となるが、安土桃山時代に醍醐寺金剛輪院の院主であった義演は豊臣秀吉の信頼が厚かったため、同院を中心に有名な「醍醐の花見」が開かれた。義演は准三后となり、秀吉の許可を得て三宝院32世を名乗り、金剛輪院を三宝院と改称した。桜で有名な醍醐寺三宝院庭園はその時期に整備された。義演は徳川家康からも信任を受け、江戸時代初期の天台宗系修験道である本山派本山の聖護院との相論では江戸幕府の支援を受けて、慶長18年（1613年）に修験道法度が制定された。明治4年（1871年）、廃仏毀釈の影響で門跡号を差し止められるが、14年後に復称する。現在では、真言宗醍醐派総本山として宗務庁、醍醐寺の寺務所が三宝院内に設置され、醍醐派管長・醍醐寺座主・三宝院門跡の三職兼務が定められており、仲田順和が在任している。

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