プエルトリコ海溝（プエルトリコかいこう、）は、西インド諸島、プエルトリコのすぐ北側に東西に伸びる海溝。全長は約800km、最深部は8,605mに達し、大西洋で最も深い。なお大西洋にはプエルトリコ海溝とサウスサンドウィッチ海溝（South Sandwich Trench）しか存在しない。この海溝で地震が発生すると大きな津波ができ、プエルトリコ海岸に大きな被害を与えると予想されている。

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