日琉同祖論（にちりゅうどうそろん）は、日本人と琉球（沖縄）人は、その起源において民族的には同一であるとする説。日琉同祖論は、歴史的には16世紀の京都五山の僧侶等によって唱えられた源為朝琉球渡来説に端を発し、それが琉球へ伝わり17世紀に摂政・羽地朝秀が編纂した『中山世鑑』に影響を与えて、明治以降は沖縄学の大家・伊波普猷によって詳細に展開された。近年の研究では、日琉同祖論の起源となる源為朝琉球渡来伝説は、16世紀前半にはすでに日本において文献に現れていることが明らかになっている。現在確認されているその初出は、京都五山の臨済宗僧侶・月舟寿桂（1470年 - 1533年）の「鶴翁字銘井序」においてである。そこで、月舟は信憑性は分からないがと断りながら、「日本には、源為朝が琉球へ渡って支配者（創業主）となったという伝説がある。そうであるなら、その子孫は源氏であるから、琉球は日本の附庸国である」という内容を記している。つまり、源為朝来琉説が、16世紀前半には京都五山の僧侶の間である程度流布していた事実が確認できる。この源為朝来琉説が、日琉間の禅宗僧侶の交流を通じて琉球へもたらされ、それが後年羽地朝秀が『中山世鑑』を編纂する際に影響を与えた可能性が指摘されている。こうした源為朝来琉説や附庸国説は史実的根拠を欠いた伝説の域を出ないが、しかし、薩摩の琉球侵攻以後に、その支配を正当化するためにこれらの説が創作されたわけではないのは確かである。羽地朝秀は1650年（慶安3年）、琉球最初の正史である『中山世鑑』を編纂した。この中で羽地は、琉球最初の王・舜天は源為朝の子であり、琉球は清和源氏の後裔によって開かれたと述べ源為朝来琉説を紹介している。舜天が実在の王か否かについては議論があるが、舜天の名自体は『中山世鑑』より100年以上前の1522年に建てられた「国王頌徳碑」に刻まれている。碑文は、琉球の僧で円覚寺第六代住持・仙岩が撰んだもので、そこには「舜天、英祖、察度三代以後、其の世の主は遷化すと雖も同行を用いず……」とあり、舜天は16世紀初頭には琉球最初の王であると見なされていたことが分かる。また羽地朝秀は、摂政就任後の1673年3月の仕置書（令達及び意見を記し置きした書）で、琉球の人々の祖先は、かつて日本から渡来してきたのであり、また有形無形の名詞はよく通じるが、話し言葉が日本と相違しているのは、遠国のため交通が長い間途絶えていたからであると語り、王家の祖先だけでなく琉球の人々の祖先が日本からの渡来人であると述べている。なお、最近の遺伝子の研究で沖縄県民と九州以北の本土住民は、縄文人を基礎として成立し、現在の東アジア大陸部の主要な集団とは異なる遺伝的構成であり、同じ祖先を持つことが明らかになっている。高宮広士札幌大学教授が、沖縄の島々に人間が適応できたのは縄文中期後半から後期以降である為、10世紀から12世紀頃に農耕をする人々が九州から沖縄に移住したと指摘するように、近年の考古学などの研究も含めて南西諸島の住民の先祖は、九州南部から比較的新しい時期（10世紀前後）に南下して定住したものが主体であると推測されている。こうした羽地の日琉同祖論は、王国末期の政治家・宜湾朝保（三司官）に影響を与えた。宜湾は未定稿ながら琉球語彙を編纂して、記紀、万葉集などの上代日本語と琉球方言を比較して、両者に共通点があると説いた。日本における日琉同祖論は、室町時代の京都五山の僧侶以降では、江戸時代に新井白石がその著『南島誌』（1719年）の総序において、『山海経』に見える「北倭」「南倭」の南倭とは沖縄のことであると述べ、琉球の歌謡や古語なども証拠に挙げて自説を展開している。また藤貞幹は天明元年（1781年）刊行の著作『衝口発』において、神武天皇は沖縄の「恵平也（いへや）島」（伊平屋島）に生誕しそこから東征したと述べ、皇室の祖先は沖縄から渡来したとの説を展開した。藤貞幹は伊平屋島には天孫嶽（あまみたけ、クマヤー洞窟）という洞窟があり、地元では天孫降臨説があるのを知り、ここが高天原の天孫降臨の地であると推定したのである。本居宣長はこの説に激怒し、天明5年（1785年）に成稿した著作『鉗狂人』でこれに徹底的に論駁している。

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