対比染色（たいひせんしょく）は、主となる染色に対照的な色の染色を行い、染色された構造物の可視性を高める目的で行われる染色である。ギムネッツ染色法におけるフクシン () の対比染色としてマラカイトグリーンが使用される。またHE染色においてヘマトキシリン () の対比染色としてエオジン () が使用される。グラム染色においてもクリスタルバイオレット () はグラム陽性菌のみを染め、サフラニン () による対比染色により全ての細胞が染色され、グラム陽性菌の細胞壁を確認することができる。

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