化学療法 (細菌)は、化学療法のうち、細菌に対する薬物療法、すなわち抗菌薬を使用した治療法について記述する。感染症、悪性腫瘍、自己免疫疾患の治療に化学療法という言葉は使われる。根本的な病因は異なるが、薬理学的な見地からは一般的な治療の原則は極めて類似している。どちらもターゲット（細菌ないしは癌細胞等）に対する選択毒性を効果発現の機序として挙げている。これら３つに集約することができる。もしターゲットが該当薬物に対して感受性があり、耐性が生じるのがまれで、かつ治療指数が高い（滅多に中毒量に達しない）のなら、単剤療法の方が多剤併用療法よりも望ましくない副作用を最小限に食い止めることができる。多くの感染症の場合は、これらの条件を満たすため、原則一剤投与となる。感染症治療で多剤併用療法となるのは、結核、ハンセン病、HIV、免疫不全時の感染症などがあげられる。結核菌やHIVは薬剤耐性を生じやすいため、3剤併用療法を行う必要がある。また抗菌活性の大小だけでなくターゲットに薬剤が到達するかどうかを評価するPD（薬力学）、PK（薬物動態学）といった概念も化学療法では重要である。抗菌薬投与で髄液移行性が問題となったように、菌の感受性だけでなく治療部位によっては薬剤の体内動態も検討する必要がある。抗菌薬が使用される。抗菌薬は、抗生物質と合成抗菌薬(細菌感染症で使用される化学療法剤)に大別される。"ここに記された内容は一般的な例を示しているが、抗生物質の種類や、人体の肝機能・腎機能、菌の耐性化などによってはこの経験則は当てはまらないので注意が必要である"詳しくは臨床薬理学を参照のこと。感染症学でよく用いる臨床薬理学の分野としては薬力学 (Pharmaco Dynamics; PD)と薬物動態学 (Pharmaco Kinetics; PK)が知られている。PDは作用機序の研究をする学問であり、感染症の分野ではどれくらいの濃度になれば効果があるのかを含む。PKは薬物の体内動態の研究をする学問であり、薬がどれくらい菌に届くかを調べる学問である。抗菌薬が体の隅々に渡る分配の仕方をしめす。問題の菌のいるところに薬がどれくらい分布するのかをしめす。重要となる相乗効果をもたらす処方例を示す。急性心内膜炎や亜急性心内膜炎の起炎菌となる黄色レンサ球菌と緑色レンサ球菌の治療でよく用いられる。ペニシリンが細胞壁の合成を阻害することでアミノグリコシドがこれらのグラム陽性菌の厚いペプチドグリカン層を通り抜けられるようになる。なお、テトラサイクリン系はペニシリンと併用すると逆に効果が落ちる。ST合剤の組み合わせである。スルファメトキゾール（スルホンアミド系薬物）はジヒドロプテロイン酸シンターゼ阻害薬であり、トリメトプリムはジヒドロ葉酸レダクターゼ阻害薬（DHFR阻害薬）である。DHFR阻害薬はテトラヒドロ葉酸の細胞内供給を決定的に不足させ、結果的にプリンとチミジンの新たな合成停止させることによってDNA合成とRNA合成を阻害する。スルホンアミド系薬物はジヒドロ葉酸の細胞内濃度を減少させることでDHFR阻害薬の効果を増強させる。また併用することで耐性菌の出現を抑えることができる。真菌治療でよく用いられる処方である。アムホテリシンBがエルゴステロールの豊富な真菌細胞膜を傷害することでフルシトシンの真菌細胞への取り込みを促進する。真菌細胞膜を通過することで初めて、フルシトシンは5-FUに変換され毒性をもつ。"ここに記された内容は細菌感染症の一般的な例であり、細菌の種類や状態によって異なるので注意が必要である。"基本的には発熱のある患者を対象とする。主に抗菌薬の選択の仕方や治療の判定などを行う。感染症を治療するには患者の病態、基礎疾患やリスクを把握した上で病原菌の性質及び感染の部位を内科診断学や微生物学的検査を行い把握し、抗菌薬の知識を用いて適切な治療を行い、その治療が十分であったのかまた検査をする。

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