ジャパンラグビートップリーグ2003-2004は、2003年9月13日から2004年1月25日までレギュラーシーズンが行われた。この年から2005-06年度までのシーズンについては、レギュラーシーズンリーグ戦とマイクロソフトカップトップ8トーナメントは別個の公式戦とみなして行い、リーグ優勝はレギュラーシーズン1位チームが獲得する形式だった。----トップリーグの結果、11位のセコムラガッツ、12位の福岡サニックスボムズが地域リーグに自動降格が決定した。以上の結果、1位のトヨタ自動車と2位の日本IBMビッグブルーがトップリーグに自動昇格、3位の九州電力がトップリーグ入替戦へ進出した。以上の結果、1位の豊田自動織機がトップリーグ入替戦へ進出を決めた。入替戦の結果、リコーブラックラムズと近鉄ライナーズがトップリーグに残留した。2003-2004シーズンの年間表彰式は、2004年1月29日に実施された。

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