ホウ素の同位体は、天然にはホウ素10とホウ素11の2種類が存在し、ホウ素11が天然のホウ素の約80%を占める。質量数6から21の14種類の放射性同位体が発見されており、全て半減期は短く、最も長いホウ素8の半減期は770ミリ秒、ホウ素12の半減期は20.2ミリ秒である。そのほかの同位体の半減期は、全て17.35ミリ秒よりも短く、最も不安定なホウ素7の半減期は150ヨクト秒である。質量数10以下の同位体はヘリウム（ホウ素7とホウ素8は、半減期の短いベリリウムを経由して）に崩壊するが、質量数11以上のものは主に炭素になる。標準原子量は、10.811(7) uである。ホウ素10は、脳腫瘍の実験段階の治療法である中性子捕捉療法に用いられる。

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