種痘所（しゅとうしょ）とは、日本において天然痘の予防及び治療を目的に設立された医療機関。特に1858年に伊東玄朴らによって開設された「お玉ヶ池種痘所」（東京大学医学部発祥の地、前身）が有名である。日本初の種痘所は、1849年7月20日にオットー・モーニッケ（）によって長崎に開設された。その後、佐賀藩主である鍋島直正から江戸の佐賀藩医や京都の日野鼎哉へと痘苗が送られた。この痘苗をもとに分苗され、関東、東北、関西の各地に種痘所が開設されることとなった。

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