天草エアライン（あまくさエアライン、AMAKUSA AIRLINES CO.,LTD.）は熊本県を拠点とする第三セクターのコミューター航空会社。航空会社コードはAHXであるが、公式の略称としてAMXが用いられている。2000年（平成12年）3月に、天草飛行場開港と同時に運航を開始した。現在は、天草飛行場 - 福岡空港、熊本空港線、熊本空港 - 大阪国際空港線を運航している。以前は神戸空港や松山空港にも就航していた。福岡空港線は、陸路で4時間30分前後かかるところを30分前後の飛行時間で運用していることから需要の高い路線となっている。また、九州新幹線が2011年3月12日に、鹿児島中央駅から熊本駅・博多駅間で開業し、さらに新大阪駅までの直通運転も始まる事から、これに対して所要時間で有利な熊本空港 - 大阪国際空港（伊丹空港）の空路に新たに就航した。運航機材が1機の為、航空機整備や乗員訓練の際は運休を余儀なくされていたが、使用機が2014年（平成26年）ごろには整備費が大幅に増加する時期を迎えるため、機材更新の検討に入った。整備費の抑制と新規集客などの選択肢として、ATR社製・ATR 42を候補に挙げた。熊本県天草市の安田公寛市長（当時）は、「熊本県と協議はするが、天草市単独でも購入する覚悟がある」と話しており、2015（平成27）年度中の購入を目指す。価格は約20億円。財源には合併特例債の基金を検討している。天草市の中村五木市長が2014年5月19日に、ATR 42-600型機を2016年1月に導入する方針を明らかにした。2014年7月22日にデンマークのノルディック・アビエーション・キャピタル社とリース契約。2015年8月13日に受領(機体記号JA01AM)。8月16日にトゥールーズからフェリーフライトし21日に熊本空港に到着。2016年2月20日より定期便運航に導入した。2015年11月15日には自社Facebookページにおいて、IATAのコード「MZ」を取得したことを発表。MZは、自社の旅客機の愛称「みぞか」から付けたもので、他に三つあった希望から第一希望を取得したものある。基本的に毎日運行だが、保有機材が1機しかないこともあり（連日「天草→福岡→天草→熊本→大阪/伊丹→熊本→天草→福岡→天草→福岡→天草」の旅程をこなしている）、熊本線・大阪/伊丹線と福岡線1往復は不定期に（月2-3回程度）運休している。以上のほか、2004年10月に増収策として新設された熊本空港 - 松山空港線もあったが、当初は好調だったもののビジネス客などの利用者離れが深刻化し、2006年度の平均搭乗率は43.3%と低迷、2007年度も12月末時点で37.9%と落ち込んでいたため、2008年8月末までで休止となった。そして、同年9月4日からは新たに初の本州路線である神戸空港線が就航した。しかし、搭乗率の低迷と新たに就航したスカイマークとの競合を避けるために2010年10月11日で休止となった。これまで、他社とのコードシェアは実施していなかったが、2015年4月1日より天草エアライン運航便の全てが日本航空とのコードシェア便となる。旅客機と防災消防ヘリコプターをそれぞれ1機ずつ運用している。2010年3月1日より、予約システムが大幅に変更された。天草エアラインでは、就航当初から電話による予約が主で、天草エアラインの社員が個別に対応していた。料金の支払い方法も、クレジットカードの番号を口頭で伝えるか、空港の天草エアラインカウンターでの現金決済が大半を占めており、予約データの管理も、手作業で行っていた。新予約システムでは、天草エアラインのインターネットサイトから、空席照会や予約、クレジットカード決済などが可能になった。現在では携帯電話用のモバイルサイトからも予約等が出来る。インターネットで予約可能な運賃は、「普通運賃（大人・小児）」・「早勝28」（熊本〜大阪間のみ）・「早勝7」・「早勝1」・天草住民割引となっており、照会時点で設定のある運賃のみ表示され、一度の予約では、9席まで予約が可能。搭乗日の2ヶ月前の同一日午前9時より受付され、ゴールデンウィーク・夏期多客期・年末年始は、一斉売出しをする場合がある。通常の予約締切りは、該当便出発の20分前まで。小児（3～11歳）を同伴する大人が、普通運賃を利用の場合、大人と小児を同時に予約が可能だが、割引運賃の場合は、予約後、天草エアライン予約センターへ連絡し、同伴する小児の座席を予約する必要がある。インターネット、携帯サイトでの運賃支払いは、クレジットカード、またはコンビニエンスストア決済が可能となっている。日本国内の航空他社とは、マイレージサービスの面ではいずれも提携しておらず、「AMXポイント」として独自にポイントカードを発行している。現在では、天草エアラインのインターネットサイトからも申し込みが可能になった。「天草～福岡（片道）」「天草～熊本（片道）」を1ポイント、「熊本～大阪（片道）」を2ポイントとして加算し、10ポイントからAMXの航空券と交換出来る。但し、ポイントの有効期限は前回利用日から1年間となっている。日本国内に在住している人のみ、AMXポイントカードの申し込みが可能。なお、日本航空便名で予約した場合はJALマイレージバンクのマイルが積算対象となる。貨物取扱は、天草〜福岡間で行っている。「通常貨物」「貴重品」「生きた動物、遺骨、危険品」のカテゴリーに分けられて料金設定されており、貨物受付場所は、福岡空港ではJAL・日本航空・国内貨物カウンター（貨物ターミナル）、天草飛行場では、天草飛行場カウンターで、搭載予定便の出発時刻60分前まで受付けている。

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