政教分離原則（せいきょうぶんりげんそく）とは、国家（[政府]）と宗教の分離の原則をいう。ここでいう「政」とは、狭義には統治権を行動する主体である「政府」を指し、広義には「君主」や「国家」を指す。国家により、日本などに見られる国家による一切の宗教的活動を禁止する厳格な分離（分離型）や、国家が平等に宗教を扱えばよいとする英国などに見られる緩やかな分離（融合型）などに分かれる。信教の自由の制度的保障として捉えられる。歴史的条件の違いを反映して、政教分離は国によって様々な形態をとる。1977年にの試みた類型化によれば、国家と宗教の関係には、「融合型」（ヴァチカン市国、イスラム諸国など）のほか、「分離型」（教会は私団体にすぎず、国はその運営に関与しない）、「同盟型」（国家と教会は独立しているが一定の協力的制度関係が存在する）がある。融合型（フランス語 la confusion）は国教型ともされ、イギリス、イタリア、北欧諸国も含まれる。フランスやアメリカ合衆国などにおいては、国家と宗教が完全に分離され、教会は私法上の組織にすぎない。同盟型における国家の教会への関与の例としては、司教の任命、司祭の報酬の決定などが挙げられる。ドイツにおいては、教会は憲法上の地位を持って活動するが、政治と競合する領域ではコンコルダート（政教協約）を結んで解決する。「分離」（フランス語 la séparation）とされる中でも、宗教に友好的ないし同調的なタイプ、宗教に非友好的ないし中立的なタイプ、宗教に敵対的なタイプ（フランス語 la séparation hostile、唯物論に立った旧ソビエト連邦など）の3タイプに分かれる。國學院大學の井上順孝によれば、ピューリタンの影響を受けて建国されたアメリカ合衆国は友好的なタイプ、19世紀を通じてカトリックの影響力が削がれていったフランスのライシテは中立的なタイプに該当する。佛教大学の井上修一によれば、国教を禁じるアメリカ合衆国憲法は中立的なタイプに該当する一方、フランスの政教分離はカトリックから抵抗を受け第一次世界大戦後の友好的な時代を経て今日は同調的なタイプに変わってきたという。政教分離には、国教の禁止が「規制原理」として働き、信教の自由が「構成原理」として働くという二面性がある。日本の憲法学では、政教分離は信教の自由を実現するための手段（制度的保証）であると言われる。の条文にも規制原理と構成原理の両面が見られる。は国教の禁止の側面を重視する立場を「厳格分離主義」、信教の自由の側面を重視する立場を「不偏許容主義」と呼んだ。一般的な理解としては政教分離と信仰の自由の保障は、西欧においては16世紀の宗教戦争に端を発し、フランス革命で一応形が整う国家の世俗化の産物とされる。古代ギリシア・ローマ世界では多神教が支持されており、政教の分離は前提として必要とされなかった。古代エジプトでは神権政治が維持され、政教分離は問題とされなかった。古代中国では黄帝から始まる三皇五帝の宇宙観（正統史観）や自然神、土着神などからなるゆるやかな神権政治が維持されていた。古代インドでは、マウリア朝のアショカ王が仏教に帰依する以前は、土着神やバラモンを中心とした神話世界と政治は一体であった。宗教は信仰であり文化であり、普遍的な社会の一般的な構成要素の一つであると考えられていた。世襲君主制の下では統治者は通常、宗教的にも最高位の指導者であり、時には神性を有するものと理解されていた。共和政体では、聖職者は政治家と同様に選ばれていた。宗教的な権威者が行政府の最高の地位に就いている例は、他国に支配されていた時代のユダヤ人の神権政治による自治において見られた。帝政期のローマ皇帝はインペラトルやプリンケプス、護民官職権などとともに最高神祇官の職も兼任した。キリスト教徒は、皇帝の政治的権威は認めたものの、皇帝の神性については認めず、ローマの神々への尊崇を拒否した。このため、キリスト教徒は国家に敵するものと考えられ、キリスト教の信仰は死刑の対象とされることがあった（マルクス・アウレリウス・アントニヌス帝時代における神学者ユスティノスの例など）。313年にローマ皇帝コンスタンティヌス1世とリキニウス（東方正帝）がミラノ勅令を発布してキリスト教を他の宗教とともに公認するまでの間、幾多のキリスト教徒への弾圧へとつながった。380年にテオドシウス1世の勅令により、ローマ帝国は正式にキリスト教を国教とした（世界ではじめてキリスト教を国教としたのは301年のアルメニア王国である）。イエスの教えそのものが政教分離の根拠のひとつになっていると指摘されることもある（マルコによる福音書12:17など「ローマ皇帝のものはローマ皇帝に、神のものは神に返しなさい」）。中世の西欧社会では、政教分離は神授された王権に基づき統治する君主と、神のこの世における権威を行使すると主張する教皇との間で問題となった。国家の究極的なコントロールに関しての分立は残り、権力抗争やリーダーシップの不在など西欧の歴史における重要な出来事の原因となっている。これに対し、聖俗・政教をそもそも対立概念として捉えない正教会を奉じた東ローマ帝国における政治理念は、ビザンティン・ハーモニーと呼ばれる。東ローマ帝国の政教の関係につき、皇帝が教会を一元的に支配した皇帝教皇主義と捉えるのは西欧側からの一方的な見方である。実力行使という面においても単純に皇帝側が常時教会に優越していた訳ではなく、皇帝に総主教を代表とする教会側が抵抗した事例にもみられるように、それほど様相は単純ではない。ドイツにあっては、シュマルカルデン戦争後に結ばれた1555年のアウクスブルクの和議で、"cuius regio, eius religio"「その地に属する者がその地の宗教を定む」の原則が確認され、領邦君主が信仰している宗派（カトリックかルター派）をそれぞれの領邦の国教（領邦教会　Landeskirche）とすることとなった。後にカルヴァン派もこれに加わった。領邦教会は、領民の戸籍、教育、生活を管理する統治組織でもあった。このことは中世西ヨーロッパを支配していたローマ・カトリック教会からの世俗権力の脱却ということでは大きな意義があるが、領民の信教の自由は確立しておらず、領邦国家それ自体では政教分離は実現したとは全くいえない。イングランドにあっては、1534年にヘンリー8世によって首長令が発布され、イングランド国教会が成立した。このことは、カトリック教会の支配下にあった世俗権力が独立し、逆に教会支配を確立した点で革命的な出来事であったが、公定宗教がカトリックから国教会に変化しただけであるという意味では、政教分離はほとんど実現したとはいえない。エリザベス女王時代にはピューリタン（カルヴァン派）がいまだ教義の確定しない国教会からカトリック色を一掃して教会改革を徹底するよう要求を繰り返し、何度か迫害を受けるなどしていたが、議会派を中心に常に勢力を保ち続けていた。ピューリタン革命前夜、議会派ピューリタンも、長老派（国王との妥協を模索し、国教会のなかで改革をする）と独立派（国教会から分離し、自然に発生した末端の会衆教会を基本単位として、下からの教会純化を考える）、平等派（王制を廃止し、人民主権を達成しようとする）などの分離派（国教会からの分離を主張）に分裂した。クロムウェルに教会設立の自由を宣言した演説が見られるなど独立派には政教分離の思想的萌芽が見られるものの、クロムウェル政権（1653年 - 1658年）は独立派の会衆派教会を優遇した。同じ分離派でもクエーカー教徒、平等派などは認められず、強く信教の自由を主張した。特に平等派は弾圧に遭い、1640年代から衰退していった。これらの人々はアメリカ、オランダなどへ亡命してのちに帰国する人も多く、信教の自由、政教分離への主張を強めていった。1660年の王政復古後、イングランド国教会は公定宗教として復活した。即位したチャールズ2世はピューリタン各派への弾圧を繰り返したが、それを根絶やしにすることは不可能であった。しかも、国王の本心がカトリックの復活にあることが判明すると、議会は1673年に審査律を制定し、公職に就くには国教会の信者でなければならないとの規定を行った。そうした中、信教の自由を求める運動は継続され、1689年の名誉革命に際して、「プロテスタント非国教徒を現行の諸刑罰から免除する法」（寛容法）が制定され、プロテスタントの非国教徒は信仰を理由に迫害されることはなくなった。しかし、1828年の審査律廃止まで公職に就くことはできなかった。また、カトリックは1801年のアイルランド併合の際に解放が約束されたが、その後も迫害を受け続け、ダニエル・オコンネルの解放運動による1829年のカトリック教徒解放令によって認められた。政教分離を「国教制度」の否定と捉えた場合、政教分離を歴史上もっとも明確に打ち出した最初の事例はアメリカである。1776年の独立宣言に「すべての人間は平等につくられている。創造主によって、生存、自由そして幸福の追求を含むある侵すべからざる権利を与えられている。」とあるように、キリスト教的な思想の上に誕生したアメリカ合衆国だったが、合衆国憲法には神やキリスト教への言及がみあたらない。1791年に合衆国憲法修正第1条「合衆国議会は、国教を樹立、または宗教上の行為を自由に行なうことを禁止する法律（中略）を制定してはならない。」が批准され、連邦政府としての国教は否定された。新国家建設の基本原理の一つに政教分離が選ばれたのは指導者たちが啓蒙主義を自らの思想としていたことと密接に関係しているが、それだけでなく、新国家がイギリスにおいて宗教的に迫害された人々による「合衆国」であり、異なった宗教的背景を持った人びとによって構成されていたという現実があったことが最大の原因であった。しかし、州の独立性は強く、ニューヨーク州、メリーランド州、ノースカロライナ州、サウスカロライナ州、ジョージア州は監督派教会を、マサチューセッツ州、コネチカット州、ニューハンプシャー州は会衆派教会を当初は公定教会としていた。その後、修正第1条の精神が徐々に浸透し、各州における公定教会制度は廃止されていき、最も頑強にピューリタンの伝統が保持されたマサチューセッツ州においても1833年に公定教会は廃止された。南北戦争後の1868年に批准が決定された修正第14条により、修正第1条は州政府に対しても正式に適用されることとなったものと理解される。フランスでは革命前の封建社会においてカトリック教会権力と王権が分かちがたく結びついており、民衆の日常生活にも教権は深く介入、浸透していた。このため、革命後の新政府は旧勢力の一翼を担っていたカトリック教会の影響力を政治や社会から排除しようとした。1789年のフランス人権宣言は第10条で信教の自由を謳った。また、1792年9月20日には国民公会が、出生や結婚、死亡などの民事的身分の届け出を教会から自治体に変更し、結婚届けも民事婚にする法案を可決。さらに、西暦の廃止すなわち革命暦の採用、教会資産の国有化、修道会が運営していた寄宿制度（コレージュ）の廃止など革命政府はカトリック教会と対立した。この混乱を解決したのがナポレオンである。ナポレオンは教会と政界との棲み分けを図り、教皇ピウス7世とコンコルダ（政教条約）を締結した。カトリックは政治に口を出さない代わりに、政治は教会の宗教活動の自由を保障することとした。寄宿制度が復活し、カトリックの教育や社会に対する影響の行使が容認されることとなり、1804年より革命暦も廃止された。その後、第三共和制のもとでは、まず公教育機関の非宗教化がはかられ、1905年には教会と国家の分離に関する法律 (Loi de séparation des Eglises et de l'Etat) が成立、現在のライシテへとつながっていく。第一次世界大戦後のドイツでは長く続いた領邦国家体制を見直し、政教分離を求める機運が高まった。しかし、こうした動きに反発した教会側は大規模なキャンペーンを張り、憲法制定国民議会に圧力をかけた。その結果、1919年に成立したヴァイマル憲法では、国教の存在は否定したものの、カトリックとプロテスタント領邦教会に「公法上の社団」の地位を与え、教会税の徴収、宗教教育の保障などの特権が認められ、それと同時に国民の信教の自由が保障され、他の宗教団体にも領邦教会同様の権利が与えられる可能性が示された。1920年代から1930年代にかけてローマ教皇庁は断絶していた国家と教会の関係の正常化を図り、各国のカトリック信徒を保護し、カトリック学校や施設を政府の迫害から守るため、多くの国々とコンコルダート（政教条約）を締結した。ピウス11世時代にはムッソリーニのイタリア王国とラテラノ条約を結ぶことで、バチカン市国を成立させた。またピウス12世は主席枢機卿時代にヒトラーのナチス・ドイツとライヒスコンコルダートを締結している。現代各国の政教分離は国によって程度が異なっている。国家への宗教の影響や、宗教の国家への影響を認めないよう厳しい政教分離を規定する国もあれば、イラン等の国では宗教と国家は強く結びついている。アメリカ、フランス、メキシコ、日本などでは政教分離を憲法や法律によって定められている。アメリカ合衆国における政教分離は、アメリカ合衆国憲法修正第1条にて示されており、「連邦議会は国教を定めるための、また宗教の自由な活動を禁止するための、いかなる法律も制定することはない。」としている。政教分離は"Separation of Religion and State"「宗教と国家の分離」ではなく"Separation of Church and State"「教会と国家の分離」であり、教会と公権力の癒着の否定という意味合いが大きい。単に国教を禁ずるものではなく、一定限度を超える政府機関と宗教との結びつきを禁ずるものと判例により解釈されている。そこではキリスト教的伝統はむしろ尊重される。つまり、アメリカの公的領域において一定の役割を果たすことについては、アメリカは伝統的にこれを是認してきているという。紙幣・コインには"In God We Trust（我ら神を信ず）"の文言が刻まれているし、議会には宣教師（チャプレン）が専属している。また、証言や大統領などの公職就任の際に宣誓 () もしくは確約 () が求められるが、このうち宣誓は神に対する誓いであり、神に言及しない確約はクエーカーなどの宣誓を禁ずる教派の信徒のために用意されたものである。しかし、セオドア・ルーズベルトのように聖書を用いず、大統領宣誓を行ったものも実際に存在する。また、彼は、ジョージ・ワシントンが始めた"So Help Me God"という言葉を発言せずに、"Thus I swear"で終了した。こうした特定の教会に偏らないアメリカにおけるキリスト教の共通要素をしばしば"Civil Religion"「市民宗教」という。 すなわちアメリカにおいては、国家が特定の教会や教派のために公金を使ったり、特定の教会・教派の信者を就職・参政権などで優遇することが憲法違反なのであり、多様な教会的伝統が国家形成に積極的に参与できるよう、特定の教派が突出した政治権力を行使できない枠組みを用意するという点に重点が置かれている。なお、合衆国（連邦）最高裁は、McCreary County v. ACLU of Kentucky, 545 U.S. 844 (2005),において、公共の場における聖書の展示について、第一修正に3つの観点から違反すると判示した：第一は、聖書のみを展示して、第二は、他の宗教の文書とともに展示することによって、第三は、これをアメリカの根本的な「法」であると主張することによって、である。その他の判例は以下のとおり：Torcaso v. Watkins, 367 U.S. 488 (1961)連邦・州政府において、宗教に関するあらゆる質問、検査、査察などを、禁止した。Cutter v. Wilkinson (Word File), 000 U.S. 03-9877 (2005)服役囚が、無神論者同士が議論できるような集まりを、設けたいという主張と刑務所が衝突：被告は「無神論は、宗教にあらず。よって、保護されない」と主張するも、判決では、無神論も宗教と同等の保護されるべき法益であると判決。したがって、米国的な政教分離理解に立つ限り、特定の教会・宗教が政治活動に参画することそれ自体には違憲性はない。実際に宗教的理由から妊娠中絶や同性愛の反対を掲げるキリスト教右派の影響力が大統領選挙などの結果を左右することはよく知られている。国家にゆるされる宗教的行為の判定として、アメリカ連邦最高裁判所はいくつかの判決を経た上で1971年にレモン対カーツマン事件において、修正第1条との関係で合憲とされるためには、の3要件を充足することが必要と判断した。この基準は、当事者の名前をとってレモンテストと呼ばれている。キリスト教右派が宗教基盤の共和党のブッシュ大統領はクリスマスの際「Merry Christmas!」ではなく「Happy Holidays!」と他宗教に配慮して演説したことが、キリスト教右派に批判された。宗教的な少数派からは異論が出されて激しい議論となる場合もある。たとえばアメリカでは、公立学校での「忠誠の誓い」に関して、神に言及することについては、2001年にサンフランシスコ連邦控訴裁から「政教分離原則の基礎をなす国教禁止条項（憲法修正第1条）を侵す」という判決が出ている。アメリカでは、また、アメリカでは、キリスト保守派により、進化論以外にインテリジェント・デザイナーにより人類等が創造されたというインテリジェント・デザイン説も教育せよという運動があり、カンザス州教育委員会ではこれが認められた。これに対する皮肉として、空飛ぶスパゲッティモンスター (FSM) により人類等が創造されたという説（空飛ぶスパゲッティ・モンスター教）も同様に成り立つという主張がなされた。フランスの政教分離はライシテ (laïcité) の原則に基づく。ライシテとは非宗教性、世俗性、政教分離等の概念を含んだフランス独自の原則で、国家をはじめとする公共の空間から宗教色を排除することで、私的空間において信仰の自由を保障する。ライシテと政教分離は等しい概念ではないが、ライシテの概念を理解することがフランスの政教分離を理解することにつながるので、しばしば同一のものとして扱われる。ライシテの語源は、ギリシャ語のラオス (laos) =聖職者に対する民衆、の意味でラテン語のライクス (laicus) を経てフランスに入り、1870年代にライック（laïcもしくはlaïque）=宗教的信仰から独立した、という形容詞から1870年代に形成された。ライシテは、第三共和制の時代に主に教育現場からのカトリック色の排除という形ですすんだ。ジュール・フェリー教育相は1881年に公教育を無償化するとともに、1882年には初等公立学校の現場から宗教教育を排除し、諸科目の筆頭に道徳と市民教育を掲げる法律を制定した（ジュール･フェリー法）。この法律は、学校に週一回の休みを設けて学校外で教会の教育を受けられることを保障するなど教会教育にも配慮したが、教室からは十字架像が徐々に撤去されるなど公立学校の宗教色は薄められ、1886年には公立学校の教師から聖職者が排除された（ゴブレ法）。1898年に起こったドレフュス事件に乗じてカトリック勢力が発言力を強めると、共和国防衛内閣を組織したピエール=ワルデック=ルソーは1901年に修道会を認可制にし修道会系教育機関の設立許可制を導入。1902年に首相となったエミール･コンブはカトリック系学校約12,500校を閉鎖。非聖職者による再開や公立学校への吸収を実施した。これは教会財産の国家接収を意味し約3万人の修道士女が国外へ亡命した。1904年にエミール・ルベ大統領がイタリア王ヴィットーリオ・エマヌエーレ3世を訪問するとローマ教皇庁はフランス政府と国交を断絶した。カトリック派と反教権派の対立が激化するなか、1905年「教会と国家の分離に関する法律」(Loi de séparation des Eglises et de l'Etat) が成立。信教の自由の国家による保障と国家の宗教への中立性を明確にし、ライシテは一定完成した形となった。ライシテが憲法に規定されたのは、1946年の第四共和制憲法である。1958年成立の第五共和国憲法に引き継がれ、現在にいたっている。フランスでのムスリムのスカーフ着用禁止など、政教分離原則の適用が多数派による少数派への圧力として作用してしまうこともある。ただし、フランスの場合学校は全ての宗教から中立であろうとする結果として行われた処置だろうという見方をする人たちもいる。この件についてはル・モンド誌がヨーロッパ各国の反応を掲載した記事があり日本語訳も入手可能である。またフランスはライシテ（laïcité、 宗教からの独立）の原則を遵守しつつカルト的団体に対処するためセクトという概念を持って犯罪性の部分のみに対処するという方向性を打ち出した。これを、建前だけ立派で実質は少数派と異文化への弾圧とする人達と、逆に犯罪被害に対する良質かつ控えめな対処として賞賛する人たちに別れ議論を巻き起こした。フランス政府の行政資料（日本語訳もある）を根拠に犯罪対策が中心に行われ異文化排斥の側面は弱いと見る人もいる。また研究者達の間では異文化排斥の側面が極めて弱いとの意見が主流だと語る専門家もいる。江戸時代の日本では、幕府が仏教の寺社勢力を統制し支配に利用して政教一致・祭政一致の統治が行われた。儒教と神道の習慣は尊重される一方、キリスト教が弾圧された。ここでは法制史の立場から日本近代での政教分離について概説する。「祭政一致の制に復し天下の諸神社を神祇官に属す」とする慶応4年3月の太政官布告で神祇官再興が宣言された。村上重良によればこれは「政治と神を祭ることは一体であるという古代的観念」を掲げたものである。1868年（明治元年）神仏分離令が出され、廃仏毀釈が起こる。また「五榜の掲示」にキリシタン禁制とあるのが確認される。1869年に設けられた公議所の議論で神道の国教化路線が決定され、神道に関する神祇官は太政官から独立したが、1871年には神祇省に格下げされ1872年には神祇官が廃止され、教部省が新たに仏教・神道ともに管掌することとなった。国民を教化する職責として教導職制度が設置され、教導職の教育機関として大教院が設置された。しかし1872年、浄土真宗本願寺派の島地黙雷は三条教則批判建白書を提出し、1875年1月には真宗4派が大教院離脱を内示するなど紛糾し、同5月に大教院は解散した。1874年には仏教・神道の中での宗派選択の自由が、1875年には信教の自由が保障された。1882年（明治15年）に内務省通達により神社は宗教ではないとされた（神社非宗教論）。1889年(明治22年)、大日本帝国憲法第28条で「日本臣民ハ安寧秩序ヲ妨ケス及臣民タルノ義務ニ背カサル限ニ於テ信教ノ自由ヲ有ス」と記載された。しかし、昭和期に入って、日本国内で国粋主義・軍国主義が台頭すると、神道は日本固有の習俗として愛国心教育に利用され、神道以外の宗教に顕著な圧迫が加えられるようになった。神道以外の信仰を持つ生徒・学生であっても靖国神社への参拝を義務づけたため、1932年には上智大学の学生が靖国神社参拝を拒否するという事件（上智大生靖国神社参拝拒否事件）が発生した。これに対してカトリック教会は1936年『祖国に対する信者のつとめ』を出し、日本政府の方針にしたがうべきことを表明した。第二次世界大戦後の1945年、GHQにより神道指令が出され、国家神道は廃止され、現行憲法では政教分離が原則的には実現されている。日本国憲法に「政教分離」の言葉はないが、根拠として日本国憲法第20条1項後段、3項ならびに第89条が挙げられる。したがって、政教分離の具体的内容とは次の通りである。上記の憲法規定は、宗教の関与を否定するものではなく、宗教団体が政治家や政治団体を支持したり、政治運動を行うことは憲法上認められている。政教分離と信教の自由の関係につき、最高裁判所は津地鎮祭訴訟の判決で、「信教の自由を確実に実現するためには、単に信教の自由を無条件に保障するのみでは足りず、国家といかなる宗教との結びつきをも排除するため、政教分離規定を設ける必要性が大であつた」として、信教の自由と政教分離は目的と手段の関係にあり、個人の権利ではなく制度的保障（自由権本体を保障するために、権利とは別に一定の制度をあらかじめ憲法によって制定すること）であるとしている。これに対しては、信教の自由を侵していないという理由で政教分離の規定が縮小されてしまう可能性があり不適切であるという批判もある。国家と分離される「宗教」については、信教の自由の場合と異なり、宗教だと考えられるものすべてを指すと考えることはできないとする立場が一般的であるが、この「宗教」の定義によって国家および地方公共団体が禁じられる「宗教的活動」のとらえ方には2つの説が生じる。一つには「当該の行為の目的が宗教的意義をもち、その効果が宗教に対する援助、助長、促進、又は圧迫、干渉になるような行為」とする説である。津地鎮祭最高裁判例がその代表である。2つにはより厳格に「祈祷、礼拝、儀式、祝典、行事等およそ宗教的信仰の表現である一切の行為を包括する概念」であるとする説がある。この説に対しては、死者に対する哀悼、慰霊等の行事のすべてが含まれるのは非常識であるとする批判がある。また、政教分離の対象は国家および地方公共団体である。判例によれば、護国神社などは私的な宗教団体であり、私人である隊友会が殉職自衛官を山口県護国神社に合祀申請しても国家は関係ないから政教分離の問題にはならなかった。他方、国家権力主体としての性格を有する愛媛県が靖国神社に寄付金を納めるのは、国家と宗教の過度なかかわり合いを発生させるので、憲法20条に反し、許されなかった（愛媛玉串料訴訟）（「目的効果基準」も参照）。大日本帝国憲法は第28条において「日本臣民ハ安寧秩序ヲ妨ケス及臣民タルノ義務ニ背カサル限ニ於テ信教ノ自由ヲ有ス」と定めた。しかし信教の自由、および“安寧秩序” “臣民の義務”という定義自体が不完全なもので、神道は「神社は宗教にあらず」といって実質的に国教化され（国家神道）、神社への崇敬を臣民の義務として、神宮遙拝は日常化され、家庭や公共機関などに神札を祀ることが奨励された。これに反する宗教は弾圧を加えられることもあった（大本教、ひとのみち教団、創価教育学会、横浜ホーリネス教会など）。戦後日本における政教分離原則は、当時日本を占領していたアメリカを中心とする連合国総司令部 (GHQ) が、1945（昭和20）年12月15日に日本国政府に対して神道を国家から分離するように命じた神道指令がその始まりである。そして、1946年1月1日の昭和天皇のいわゆる人間宣言に始まる一連の国家神道解体へとすすんでいった。憲法制定過程では松本委員会案において、すでに神社の特典を廃止するとして記載されている（第二十八条）。津地鎮祭訴訟において最高裁は、宗教は個人の内心にとどまらず外部的な社会現象（教育・福祉・文化・民族風習など）をともなうのが通常なので、「国家と宗教の完全な分離は、実際上不可能に近い」として、いわゆる「目的効果基準」に従って国の宗教的活動の違憲性を判断するべきと判示した。これは「行為の目的が宗教的意義をもち、その効果が宗教に対する援助、助長、促進又は圧迫、干渉等になる」か否かをもって、憲法第20条3項にいう「宗教的活動」に抵触するかどうかを判断するものである。箕面忠魂碑訴訟では、この目的効果基準にしたがって、忠魂碑の移転に関わる費用等を市が負担した行為が合憲とされた。また、愛媛県靖国神社玉串訴訟では、同基準に従い、県知事が公費から靖国神社に玉串料を奉納した行為が違憲とされた。さらに、砂川政教分離訴訟では北海道砂川市が市有地を神社に無償提供していた件が違憲と判断された。。目的・効果基準はアメリカのレモンテストに由来する（「アメリカ合衆国の政教分離」で前述）。なお、宗教的要素をもった文化財に対する補助金や、宗教系私立学校への助成金支出などもこの基準に照らして問題ないとされている。政治と靖国神社の関係について、「特権付与の禁止」と「国の宗教活動の禁止」の視点から議論がなされてきている。1985年8月15日に中曽根康弘首相が「正式な神式ではなく省略した拝礼によるものならば閣僚の公式参拝は政教分離には反しない」というそれまでの政府統一見解を変更し、靖国神社を公式参拝し供花代金として3万円の公費を支出した件について、仏教、キリスト教信者が中心となって、信教の自由、宗教的人格権、宗教的プライバシー権等の侵害を理由に損害賠償・慰謝料を求める訴訟を行った。福岡高裁（平成4年2月28日）判決は、靖国信仰を公認し押しつけたものとは言えず、信教の自由の侵害はない、としたが、傍論において公式参拝が制度的に継続的に行われれば違憲の疑いがあるとした。大阪高裁（平成4年7月30日）判決も、今回は具体的な権利侵害はないが、公式参拝自体は違憲の疑いが強いとした。小泉純一郎首相も靖国神社を参拝したが「私的参拝」であるとして公費の支出もしなかった。千葉地裁（平成16年11月25日）判決、東京高裁（平成17年9月29日）判決は憲法判断を避け、原告の請求を棄却した。他方、福岡地裁（平成16年4月7日）判決と大阪高裁（平成17年9月30日）判決は原告の控訴を棄却したが、傍論で違憲に言及している。また、岩手県靖国神社訴訟では、1962年から毎年岩手県議会が行っていた靖国神社への玉串料公費支出と県議会が総理大臣の靖国公式参拝を求める決議をしたことをめぐって住民訴訟が争われた。一審の盛岡地裁（昭和62年3月5日）判決は、社交儀礼であって政教分離に反しないとしたが、二審の仙台高裁（平成3年1月10日）判決は、特定の宗教団体への関心を呼び起こし、かつ靖国神社の宗教的活動を援助するもの」で政教分離に反するとした。さらに愛媛県靖国神社玉串訴訟では、愛媛県知事が靖国神社・県護国神社に玉串料を22回計16万6000円を公費支出していた事実を争った住民訴訟で、一審の松山地裁（平成元年3月17日）判決では「同神社の宗教活動を援助、助長、促進する効果を有するので、違憲」とした。二審の高松高裁（平成4年5月12日）判決は、金額も少なく社会的な儀礼の程度で、神道の深い宗教心に基づく行為ではないから合憲としたが、最高裁（平成9年4月2日）判決は、玉串料の奉納は県が特定宗教団体と意識的に特別な関係を持ったことになり、一般人に対して靖国神社は特別な宗教団体であるという印象を与えるので、目的効果基準に照らして違憲であるとした。次は政治家の参拝が違反であるという意見と合憲であるという意見の例である。この政治家への徹底は不可能であるとの論に対し、宗教勢力と関連がある団体の政治参加について、「宗教団体の政治的権力の行使の禁止」と関わりが話題にのぼることがある。日本政府の見解によれば宗教団体が政治的活動をすることに問題はないが、国民の間には忌避感があるという。『新宗教辞典』では、宗教と政治関与について、単独の宗教団体が独自の政党を作った創価学会のケース、「戦後改革を是認する立場から自民党内の比較的リベラルな部分と結び付いて間接的な政界進出を図り、保守政権を支持・支援する」新日本宗教団体連合会系宗教団体のケース、「戦後改革をさほど認めず、自主憲法制定・靖国国家護持賛成・天皇復権」などを謳う右派グループのケース、政治参加を基本的に否定するケースの4つをあげている。また、世界平和統一家庭連合（統一協会）の創設者文鮮明によって作られた国際勝共連合や生長の家政治連合などが政治活動を行っている。日本の宗教団体が設立に関与したり、あるいは支持母体とする政党は、以下の通りである。学界の通説は、国家が宗教団体に政治上の権力を行使させてはならない、ということは、宗教団体を政治参加させてはならないという意味ではないとする。すなわち「政治上の権力」とは、国が独占すべき「統治権力(立法権、課税権、裁判権等)」のことを指すとするものである。この説に対して、佐藤功は、宗教団体の政治参加を制限する立場から、国の統治的権力を宗教団体が行使するということは現代では考えられないので「政治上の権力」とは「政治上の権威とでもいうべき観念」であり、「政教分離の原則を明らかにするために宗教団体が政治的権威の機能を営んではならない」とする説を主張している。この説には、世界の政教分離の態様は様々であり、例えばドイツには現に教会に租税徴収権が認められていることを留意すべきという反論、「政治的権威の機能」の意味が明確を欠き、疑問が残るという批判がある。田上積治は、「政治上の権力」を「積極的な政治活動によって政治に強い影響を与えること」ととらえ、その理由として「宗教団体の政治活動は他の政治団体と容易に妥協しない性格を持つから民主政治にそぐわない（趣意）」という説を主張している。一方、芦部信喜や橋本公亘は、宗教団体の政治活動の自由を制限したり禁止したりするのは宗教を理由に差別することになる、と主張している。宗教団体・宗教団体構成員の政治活動・政党結成を制限することは、以下の複数の規定に抵触することになる。憲法第20条1項を厳しく解釈した結果それ以外の複数の条項に違反するのは明らかに不合理であるというのが通説的見解の根拠である。日本国憲法制定前の第90回帝国議会で憲法草案が審議されていた段階で、以下のような答弁があった。宗教団体の政治活動に関する最高裁の判例はない。津市地鎮祭事件判決（昭和52年7月13日）は、津市が行った地鎮祭という宗教的行為に関する事件である。ここではと述べて、政教分離原則は国家と宗教の分離を目指した規定である、とした上でと、目的と現実を明確にした上で国家に許容される宗教的行為の基準として目的効果基準を打ち出している。この判決に見られる政教分離の視点は、国家にいかなる宗教行事や宗教団体への介入が許されるかという、国家から宗教への視点であり、宗教からの政治への介入という視点ではない。内閣法制局は、という見解を一貫して述べてきた。2008年10月7日衆議院予算委員会で、民主党の菅直人の「90年にオウム真理教の麻原氏を党首とする真理党が結成され、25人が立候補した。多数を占め、政治権力を使って教えを広めようとしたら、憲法第20条の政教分離の原則に反すると考えるがどうか」との質問に対し、内閣法制局長官および首相が違憲と答弁したが、翌10月8日に長官は「誤解を与える結果となったとすれば誠に申し訳ない」と陳謝のうえ「菅委員の質問の場合は、宗教団体が「政治上の権力」を行使していることにはならないので、憲法第20条第1項後段違反の問題は生じない」との趣旨を再答弁した。法制局は法的に憲法解釈の権限をあたえられているわけではないが（違憲立法審査権をもつのは最高裁である）、政府の公式見解である。ただし近年においては、与党民主党関係者から、内閣内で憲法解釈を担ってきたことへの批判が生じており、その地位および解釈は必ずしも保証されているわけではない。宗教法人に対する非課税措置が「特権付与」に当たるかどうか議論がある。憲法上の疑義があるという見解も存在している。宗教法人は公益法人に属するが、他の公益法人も免税されているので、特に宗教法人だけが特権を付与されていることにはならないとし合憲としている。また、日本の法人税法がいう儲けとは配当金のことであり、法人擬制説に立って我が国の税法は運用され、法人税法等では株主などの構成員へ分配することが出来る剰余金配当（配当金）や、残余財産分配（みなし配当）に法人税などを課税し、法人自体にではなく配当金を貰う個人へ税を課している。宗教法人は、収益事業を行っている場合、公益事業へ組み込むための儲けが出せるので課税される。ただし、儲けは出せるが、その総ては法律で公益事業へ使わなければならず、一般企業のように個人へ配当することは出来ないので、その点で税率が軽減されている。しかし、宗教法人の本来事業である公益事業は、剰余金配当も、また、たとえ解散をしても残余財産分配が宗教法人には持分が全くないために法律上できず、法人税法などの主旨とは合わないので公益事業は非課税になっている。なお、法人の内部留保金については、役員や職員への給与、賞与等（もっとも言うまでもないが、宗教法人を含む公益法人からの給与と賞与などへは一般サラリーマンと同様に所得税などが課税されている）以外の資産は、法律どおり公益宗教活動、多くの文化財の保護、伝統と慣習の承継等の本来事業へ使わなければいけない。ただ、これらを実行するには多額の費用が掛かるため、教会、神社、寺院の宗教団体員は一丸となって費用捻出のため努力をしている。株式会社は、営利目的（配当金を生む目的）で設立され、剰余金配当や残余財産分配もでき、仮に公益活動を行っても剰余金配当などが出来るため課税される。なお、非課税措置については批判がある。憲法改正論議では自民党などによって政教分離の緩和が検討されている。2005年10月28日に出された「自民党新憲法草案」が事実上の政教分離の緩和を目指しており、教育現場での神道教育の導入につながるのではないかという懸念がカトリック教会などから提示されている。成澤孝人は憲法調査会の議論にナショナリズムが現れていると批判した。恵泉バプテスト教会は「憲法改悪に反対する声明」を出した。皇室の執り行う大嘗祭について。平成14年（2002年）7月に最高裁判示によると大分県の平松知事らが大嘗祭関連儀式に公人として参列し、日当などが公費から支出された件について、目的・効果基準から合憲判断を示し（7月9日）、同7月11日には鹿児島県の土屋知事らについての同様の訴えについても合憲判断を示した。文化財保護や地域の民俗史に関わる重要な有形・無形財産の保持にしばしば政教分離原則が関わった。地域の「お祭り」については戦後すぐから伝統的行事としての祭事に公金が一切支出されなくなり各地で混乱が発生した。GHQ統治時代に緑風会議員の議員立法により成立した「文化財保護法」では、国家神道体制を助長するような要素は極力排除された。1975年の改定による「民俗文化財」の創設について無形民俗資料とされたものの多くは神社に関わる祭礼行事であり戦後憲法の「政教分離」に抵触しかねないものばかりであった。文化庁は1999年4月から「伝統文化を生かした地域おこし」プロジェクトや1992年交付の「地域伝統芸能等を活用した行事の実施による慣行及び特定地域商工業の振興に関する法律」などから地域振興策としての「お祭り」を見直す方向にかじを切り、2000年11月には「ふるさと文化再興事業」として約20億円の予算配分がされた。教育現場にも政教分離がしばしば関わる。公立学校では、例えば「修学旅行で伊勢神宮に"参拝"する」との表現はせず「伊勢神宮を"見学"する」との表現を用いたりする。旧教育基本法第9条は宗教的情操をはぐくむ教育を禁止していると解すべきだとの立場があり、一方で文部省教育局長通達などでは「宗教的感情の芽生えを伸ばす教材」を盛り込むことを指示しており、1977年以降では「超自然的な存在」「人間の力を超えたものへの畏敬」の観念を示しそれにもとづく道徳教育を実施している。この点は法改正のさい議論の対象となり平成18年12月22日施行の新法では、宗教に関する一般的な教養は教育上尊重されるべきことを新たに規定された。

出典:wikipedia