農学研究科（のうがくけんきゅうか、英称："The Graduate School of Agriculture"）は、日本の大学院研究科のうち、農学の高度な教育研究を行う機構の1つである。いずれも1953年に、国立は東北大学と京都大学が、私立は東京農業大学が初めて農学研究科の名称を冠した研究科を設置した。一部の大学では、工学や理学分野とともに自然科学研究科・環境学研究科として開設されている。また、農学分野を専攻できる近接研究科としては生物資源科学研究科、生物資源学研究科などがある。主に、農学部の上位に連続した形で設置され、博士前期課程（修士課程）および博士後期課程（博士課程）あるいはそれに相当する課程で構成される。学位は、修士課程は修士 (農学)を、博士課程は博士（農学）を修めることができ、他は、それに相当する専攻名称等に応じた学位を修める。

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