ファーマコフォア（英: pharmacophore）は、生体高分子によるリガンドの分子認識に必要な分子の特徴（官能基群とそれらの相対的な立体配置）の（抽象的な）概念である。IUPACにおけるファーマコフォアの定義は「特定の生物学的標的との最適な超分子相互作用を確実にし、生物学的反応を引き起こす（もしくは遮断する）ために必要な、立体的、電子的特徴の集合体」とされている。ファーマコフォアの概念とコンピューター化学を用いて、同様の生物学的活性を持つ複数の分子から必須な特徴が決定できる。化合物データベース中で、特定の生理活性を示す（または示さない）化合物同士の三次元的構造、電子密度分布、官能基同士の位置関係などを相対的に比較することで、ファーマコフォアを推定することができる。典型的なファーマコフォアの特徴は、分子が疎水性、芳香族化合物、水素結合受容体／供与体、カチオン、またはアニオンである部位にみられることが多い。さらにファーマコフォアが特定されれば新規のリガンドを検索、デザインすることも可能であり、専用のソフトウェアが医薬品開発に応用されている。歴史的に、ファーマコフォアの概念はレモント・キールによって確立された。キールは1967年にこの概念に初めて言及し、1971年の論文でこの用語を使用した。この概念の作成は、しばしば誤ってパウル・エールリヒに帰される。しかしながら、そう主張されている文献やエールリヒのいかなる著作においても、「ファーマコフォア」という用語に言及したものやこの概念を使ったものはない。1977年に、ピーター・グンドは「分子において受容体に認識され生物学的活性の原因となる一まとまりの構造的特徴」とファーマコフォアを定義した。典型的なファーマコフォア要素には、疎水性重心、芳香環、水素結合アクセプターあるいはドナー、カチオン、アニオンがある。これらのファーマコフォア点はリガンドそれ自身上に位置してもよいし、受容体中に位置すると推定される投影点でもよい。新規なリガンドを同定するためには、これらの要素を同様の性質を持つ異なる官能基群と合わせる必要がある。リガンド-受容体相互作用は通常「極性陽性」、「極性陰性」、「疎水性」である。詳細なファーマコフォアモデルには疎水性体積や水素結合ベクトルなども含まれる。以下のソフトウェアパッケージによって様々な計算化学的手法を用いたファーマコフォアモデルの作成が可能である。

出典:wikipedia