第11回日本フットボールリーグは2009年3月15日から同年11月29日まで行われた日本フットボールリーグ（JFL）のリーグ戦である。SAGAWA SHIGA FCが2年ぶり2回目の優勝を果たした。第11回JFLの参加クラブは以下の通りである。このうちFC町田ゼルビア、V・ファーレン長崎およびホンダロックが前シーズンの全国地域サッカーリーグ決勝大会からの昇格クラブである。前期終了時の上位4チームに第89回天皇杯の出場権が与えられる。各試合において勝利チームに勝利チーム賞6万円を支払う。2010年度からのJリーグへの加盟申請を行っていた準加盟クラブについて11月30日のJリーグ臨時理事会で審議が行われ、4位のニューウェーブ北九州のJリーグ加盟が正式に承認された。5位のガイナーレ鳥取については成績面での不備から加盟は見送られた。町田ゼルビア、V・ファーレン長崎に関しては2010年度からの加盟申請を行わなかった ため、審議対象とはされなかった。11月2日に三菱水島FCが成績に関わらずJFLから脱退することがリリースされた。なお、中国サッカーリーグが来年度の同クラブの受け入れ拒否を表明した事もあって、2010年から岡山サッカーリーグ1部に参加する事が決まった。Jリーグ加盟及びJFL脱退により2チーム減少したため、JFLと地域リーグ間の昇降格のレギュレーションが以下のように変更された。第33回全国地域サッカーリーグ決勝大会の結果、1位の松本山雅FC、2位の日立栃木ウーヴァSCがJFLへの自動昇格となった。レギュレーション変更により、JFL17位のFC刈谷と第33回全国地域サッカーリーグ決勝大会3位のツエーゲン金沢が入れ替え戦を行う事となった。入れ替え戦の実施は2006年シーズン以来となる。1勝1分でツエーゲン金沢のJFL昇格、ならびにFC刈谷の地域リーグ（東海社会人サッカーリーグ1部）降格が決定した。

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