服部 正平（はっとり まさひら、1950年 - ）は日本の生命科学者、東京大学大学院新領域創成科学研究科教授。専門はゲノム生物学。ヒト21番染色体の全解読などに大きく貢献した。ヒト、チンパンジーのゲノム解析から微生物のゲノム解析へとシフトし、現在ではメタゲノム解析という新しい手法により主に腸内フローラ（腸内細菌叢）の解明に挑んでいる。　　

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