第13飛行師団（だいじゅうさんひこうしだん）は、日本陸軍の航空師団の一つ。1945年（昭和20年）2月、南中国における作戦担当のため南京で編成され、漢口に司令部を置いた。当初は広東方面の対上陸航空戦備、同作戦を担うこととなった。1945年5月、第5航空軍が朝鮮進出となり、第5航空軍が担当していた中支方面三角地帯（上海、南京、杭州）の東西航空戦備も担当となり、司令部を南京に移した。

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