日本で唯一の福音主義プロテスタント超教派の四年制神学大学である。学部は神学部のみの単科大学で、学科は神学科と国際キリスト教福祉学科を擁する。神学科には、神学の教育・研究のための神学専攻、教会における牧師を養成する教会教職専攻（教会教職課程後期と称せられる修士課程との一貫した教育課程となっており、教会教職課程前期とも称する）とアジア神学コース（英語で提供される授業のみで卒業可能なプログラムを持つ）、シニアコースおよび日本宣教コース（留学生向け）の2専攻、3コースがあり、国際キリスト教福祉学科には異文化理解と国際関係に強調点を置いた国際キリスト教学専攻と、介護福祉士を目指すキリスト教福祉学専攻の2専攻がある（ただし、神学科は神学科としての入学定員だが、国際キリスト教福祉学科のみ、専攻別に入学定員がある）。受験資格には「洗礼を受け、キリストへの献身を明確にしたキリスト教信者」と謳っており、加えてキリスト教徒3名の推薦状(うち1人は受験者の所属教会の牧師）が必要となっている。そのため学生・教職員は全員がキリスト教徒で占められている。卒業生は、牧師・宣教師だけではなく、一般企業や福祉施設へ就職する者もいる。また、大学院設置以前は国内外の大学院や神学校に進む者も多く、特に、併設されていた東京基督神学校への進学者が多かった。放送大学学園と単位互換協定を結んでおり、放送大学で取得した単位を卒業に要する単位として認定することができる。留学生対象のコースとして、アジア神学コース（Asian Christian Theological Studies for English Speakers＝通称ACTS-ES)を設置し、アジア、アフリカ、欧米等から多くの留学生が学んでいる。学生生活は全寮制を敷いており、留学生も日本人学生と同じ寮で暮らす。寮生活は「寮教育」と位置づけられ、異文化理解、コミュニケーション能力、社会常識が養われる。寮教育の理念は「神を愛し、人を愛せよ」。大学院博士前期課程は、神学科の教会教職専攻（教会教職課程前期）と一貫した教育がなされており、教会教職課程後期とも称する。短大時代は日本同盟基督教団立の神学校だったが、現在は超教派（日本同盟基督教団を含む）プロテスタント数団体で運営されている。

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