"注：本稿では馬の被毛全体については取り扱わない。馬の被毛の色については「馬の毛色」を参照のこと。"馬のマーキングとは、馬の性別、毛色、白斑、旋毛及びその他の特徴のうち、性別、毛色を除いた、馬それぞれの特徴のことである。馬の個体識別に用いられる。通常馬のマーキングは芦毛や佐目毛などの明るい色の馬を除き、褐色のベースカラーに特徴的な白い模様の部位（白斑）を持つ。大部分の馬はいくつかのマーキングを持ち、そしてそれらは馬の個体識別に役立つ。マーキングは出生時には既に存在して、一生変わることがない。馬が成長したり、毛が生え替わったりしたとき、マーキングが僅かに変わったかのように見えることがある。しかし違いは単に被毛の長さに要因があって、マーキングの下地が変わるわけではない。顔のマーキングは、通常場所と形状によって表される。複数のマーキングがある場合はそれぞれ別に名を付けられる。顔のマーキングは以下のものの組み合わせから成り立つ。右の図を解説すると以下の通りとなる（括弧内は英語での呼び名）。足のマーキングは通常、白斑の最も高い位置と形状によって区別される。右の図を解説すると以下の通りとなる（括弧内は英語での呼び名）。白毛で白斑を呈するには至らない程度の場合を刺毛（さしげ）という。頭部、肢部以外のもの。親指より小さい斑を小白斑という。旋毛（せんもう）とは毛が傾斜して生えており毛流ができてその中心部が渦巻き様を呈しているものをさす。いわゆるつむじである。旋毛は出生時から一生変化しない。旋毛はおおよそ7種類有ることが知られているが実際にはそれらが複合して複雑な形状をなす場合がある。白斑以外の斑模様で明確であるものである。ベンドア斑とは、19世紀末に活躍したサラブレッドの競走馬ベンドア（Bend Or）についていたことから命名された、体表に現れる黒い小さな斑点である。出現は稀である。有る粕毛馬にはベンドア斑に似た黒い毛の部分を持つことがあるが、遺伝子上は無関係とされる。メディスン・ハット（Medicine Hat）はピントの一種で顔は白いが頭部と耳が暗褐色を呈するもの。名称は医療用の帽子という意味。しばしば片目あるいは両目が青いことがある。岩陥（いわおち）とは体の一部が陥没して凹状になっているものである。傷跡で、特に顕著なもの。馬の個体識別のために、人間によって故意に付けられた入墨または烙印。烙印には凍結烙印と焼印がある。北アメリカの競走馬においては入墨が施され、オーストラリア・ニュージーランドでは凍結烙印を主に用いる。この場合左肩には生産者の印が、右肩には出生番号とその下部に出生年の末尾を示す烙印が用いられる。輪眼（りんがん）とは白目の部分が大体目の周りを取り囲んでいるものである。魚目（さめ）とは虹彩の色素が欠乏し、黒目が青く見えるものである。佐目毛の馬の目が魚目である。JRA、日本軽種馬登録協会、地方競馬全国協会では2007年より個体識別のためのマイクロチップ導入を行っている。イギリス・アイルランドでは既に1999年から行われており、アサクサデンエン、コンゴウリキシオーはマイクロチップが埋め込まれた状態で輸入された。15桁の固有のデータが書き込まれた直径2mm、長さ14.6mmのICチップを体内に埋め込む。専用の読み取り機で内容を読み取ることが出来る。安全性が高く、改ざんも不可能なことから高い信頼性を実現している。マイクロチップ導入による個体識別は、血統審査の際、競走馬の登録、種付けの際、セリ市場、競馬場への入厩、競馬当日の装鞍所に入った際など様々なケースで利用される。国産馬ではディープインパクトがマイクロチップ導入第一号となった。

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