2009年の全日本F3選手権は、2009年（平成21年）4月4日 - 5日に富士スピードウェイで開幕し、9月26日 - 27日にスポーツランドSUGOで閉幕した全16戦で行われたシリーズである。2008年は日本自動車連盟(JAF)管轄の全日本選手権クラスと、全日本F3協会規定でのナショナルクラスで開催されたが、2009年からはナショナルクラスも日本自動車連盟管轄の全日本選手権に承認された。そのため、クラス区分が変更となり、全日本選手権クラスが全日本F3選手権Cクラス、ナショナルクラスが全日本F3選手権Nクラスと名称が変更となった。 2007年まで採用されていた第1ラウンド公式予選15分間、インターバル10分間、第2ラウンド公式予選15分間の方式に戻ることになった。またCクラスとNクラスは常に同時にコースインし、タイムアタックすることになった。 エントリー台数の減少などによりポイント配分が変更され、ポイント得られる順位が6位までとなった。1988年からワンメイクメーカーとなっていたブリヂストンから、2009年からの2年間はハンコックタイヤへと変更になった。　※ クラス：C＝Cクラス(旧全日本選手権クラス)、N＝Nクラス(旧ナショナルクラス)第3,4戦以外はフォーミュラ・ニッポンと同時開催。

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