カトリック教会の女子修道会である「マリアの宣教者フランシスコ修道会」によって創設された。2011年4月、聖母大学の設置者であった学校法人聖母学園は、同じカトリック系列の学校法人上智学院と合併し、解散した。聖母大学も上智大学に吸収合併されることが決まり、同年度以降の学部・大学院募集を停止した。同年4月には大学敷地・施設を受け継ぐ形で上智大学の総合人間科学部看護学科および大学院総合人間科学研究科看護専攻が開設され、聖母大学は最後に入学した2010年度生が全員卒業する2014年3月での廃止が決定。2014年3月30日、最後の卒業生を送り出すとともに閉学式を実施。4月10日、文部科学省に廃止認可申請を届出。6月30日に認可された。

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