シアノトキシン（cyanotoxin、藍藻毒）は、藍藻（シアノバクテリア）が生産する毒素の総称。水の華、アオコを形成するシアノバクテリアに毒素を生産するものが多い。汚染された水を飲んた家畜や人が死亡した例も多い。毒素を生産する酵素の遺伝子はまとまったオペロンを形成して、水平移動や脱落をくり返すため、近縁種でも生産する株としない株がいる。魚や貝に蓄積され、貝毒の原因などにもなる。

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