1999年マラウイ総選挙（1999ねんマラウイそうせんきょ）とは、1999年6月15日にマラウイで行われた大統領選挙および国民議会議員の選挙のことである。この選挙は、1994年にマラウイの政界に多党制が導入されて以降の2度目の選挙であるとともに、バキリ・ムルジ大統領の二期目就任の是非を決定する選挙であった。投票の結果、ムルジが過半数を超える票を得たことにより、大統領二期目を行うこととなった。また、国民会議議員の議席数でも、統一民主戦線は過半数にこそ届かなかったものの、半数に近い93議席を獲得し、第一党となった。なお、後にムルジの後継者として第三代大統領となるビング・ワ・ムタリカは統一党候補として出馬したが、この選挙では全候補者中最低のわずか0.5%しか得票できなかった。

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