この項目では、特に明治維新の神仏分離令（神仏判然令）による神仏習合の権現、祇園社、牛頭天王社などの祭神や神号の変化を記載する。その後、寺社によってはそのままであるところもあれば、祭神を復したり、以前の祭神と共に祀るところもある。また、寺社によっては時代による祭神の変化を紹介しているところもある。一例であり、神社によっては祭神についての異説が存在する場合もあるため、各神社の詳細を参照のこと。なお権現号は公式的に廃された後も寺社或いはその祭神を指す呼称として継続使用されることがある。これらの祭神の変更には、もともと習合或いは同一視されていた祇園＝スサノオ、白山権現＝白山比咩の例等もあるが、また、水天は天御中主神と原初神であるという共通点から変更され、水天自体は併せて祀られる安徳天皇（水天皇）と同一視された。櫛御気野命はそのままスサノオの尊称とされる。（一部では五十猛命の異名にも使用される）

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