『潜水艦スーパー99』（せんすいかんスーパーナインナイン）は、松本零士による漫画作品。単行本は全2巻。沖博士と沖五郎は日本海溝調査のため、深海調査艇「くろしお」で潜航する。だが謎の組織ヘルメット党の工作員によって調査艇は故障させられており、生死不明になってしまった。しかし二人はヘルメット党の存在を予期しており、潜水艦スーパー99を秘密裏に建造。後事を次男のススムに託していた。事態を重く見た日本政府によって海上自衛隊から乗員が集められ、99とヘルメット党潜水艦隊との戦いが始まる。南太平洋のランドロック島南方で、客船シーエンゼル号から「日本のイ号潜水艦に雷撃を受け、沈没」との緊急電が99に届く。現場へ急行する99の前に現れたのは、キャプテン・コッコ率いる海賊海軍であった。マダガスカル島沖で船が頻繁に行方不明に。99は調査に訪れるが、謎の潜水艦ピラミッド号の襲撃と、鉄製の部品が腐蝕するという怪現象に見舞われる。松本零士（雑誌連載当時のペンネームは松本あきら）の海洋冒険漫画。沖博士が秘密裏に建造したスーパー潜水艦「99」（ナインナイン）と、世界征服を企むテロ組織「ヘルメット党」との戦いを描く。雑誌『冒険王』（秋田書店）において、1964年11月号から1965年12月号まで連載された。当時、小沢さとるの漫画『サブマリン707』によって潜水艦による海洋冒険漫画のブームが起きており、編集部からいわゆる「二匹目のドジョウ」を狙う意向で連載を依頼された作品であるが、『707』が比較的、史実の戦記物に近い潜水艦漫画であるのに対し、本作はL動力エンジン他、現実に拘泥しないSF風味がかなり強い作風になっている（『707』も途中からはかなりSF要素が強くなっているが、本作ほどではない）。本編の他に外伝として「海賊海軍出現の巻」と「海底ピラミッド編」が1965年発行の『冒険王』の「お正月大増刊号」と「夏休み大増刊号」に掲載された。「海底ピラミッド編」は朝日ソノラマのサンワイドコミックス『光速エスパー』に収録されている。この2編は劇中における時系列的にはヘルメット党との戦いの最中に行われたエピソードであり、本編とは無関係な番外編と呼べる作品だが、どちらも最終頁にて「さぁ、我々にはヘルメット党との戦いが待っている」と大山に語らせており、連載本編へ読者を誘う宣伝に近い内容となっている。2003年には、本作を原作とするテレビアニメ化がなされている。海賊海軍は「海賊海軍出現の巻」に登場する犯罪組織。紹介の都合上、ここでは海賊海軍以外のキャラクターも扱う。アラブ連合は「海底ピラミッド編」に登場する国。作中では「エジプトが独立してアラブ連合となった」と説明されている。首都はカイロ。諸元（「戦闘によりヘルメット党に分かったもの」とされている）以下は作中で判明した装備など。ヘルメット党の潜水艦は本部のある日本海溝の底、1万メートル以上（U-13を見る限り、確実に2万メートル以上）まで潜航可能。諸元（単行本のコラムより）以下は作中で判明した装備など。2003年5月からCSスカイパーフェクTVにて放送された、「宇宙戦艦ヤマト」「銀河鉄道999」の松本零士が原作・総設定・監修を務めて描くテレビアニメ。監督は「紺碧の艦隊」の又野弘道、脚本・シリーズ構成は「ヤマト」「999」の藤川桂介。深海を舞台にした海洋アクションながら、「ヤマト」や「999」に繋がるモチーフがある。エンディングでは宇宙を航行する99の姿も見られる。OP&EDテーマを水木一郎、堀江美都子が担当している。

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