十三年戦争（じゅうさんねんせんそう、波:Wojna trzynastoletnia、独:Dreizehnjähriger Krieg）は、1454年から1466年の13年間にポーランド・リトアニア合同のポーランド王国と同盟を結んだプロシア連合とドイツ騎士団国との間で行われた戦争である。ドイツ騎士団から独立を得るための、プロシア諸都市と地方貴族の反乱として始まった。プロシア連合は、ポーランド王カジミェシュ4世に助力を請い、プロシアをポーランド王国に取り込むと申し出た。国王がそれを承諾すると、戦争はプロシア連合が支援するポーランドとドイツ騎士団の支援者との間で起こった。十三年戦争はプロシア連合とポーランドの勝利に終わり、第二次トルニの和約が締結された。その後すぐに、プロシアのエルムラント司教領の独立をポーランドと争った、司祭戦争（1467 - 1479）が起こった。

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