耕雲本（こううんぼん）は、耕雲（花山院長親）が整えたとされる源氏物語の写本及びそれに由来する本文のことである。耕雲本とは、室町時代中期に耕雲（花山院長親）が将軍足利義持に献上した源氏物語の写本およびその写本のために整えた源氏物語の本文のことである。旧注の一つ『明星抄』は、この「耕雲本」を「青表紙本でもなく河内本でもない」としており、それ以後の注釈書もほぼそのままこの記述を受け継いで来たため、かつてはこの「耕雲本」については「耕雲本」原本とそこからの転写本を一つの系統と考えて青表紙本でもなく河内本でもない耕雲が整えた第三の系統の本文であると考えられていた。そのような伝統的な考え方を受けて池田亀鑑の初期の本文研究の成果をとりまとめた『源氏物語系統論序説』などでは「耕雲本」を「青表紙本」、「河内本」と並ぶ一つの本文系統としてあげられており、これからの源氏物語の本文研究の課題として「できるだけ多くの写本を集め、青表紙本、河内本及び耕雲本の性格を明らかにする必要がある。」等とされていた。また青表紙本でも河内本でもないということでこの耕雲本を別本の一つに位置づける見解もあった。しかしながら実際に耕雲本に属するとされる高松宮本等の写本の本文の内容を巻別に青表紙本や河内本と比較してみると、松風の1帖のみが青表紙本系統。宇治十帖の中の橋姫、宿木、東屋、浮舟、蜻蛉、手習、夢浮橋の7帖が別本。他は河内本系統という河内本を主体とした取り合わせ本であることが明らかになった。そのため、現在では耕雲本を青表紙本や河内本と並ぶ一つの本文系統としてあげることはなく、耕雲本に由来する写本は「河内本の中の一系統」かまたは「河内本を主体とする取り合わせ本」として扱われるようになっている。耕雲本は、各巻の巻末に以下のような巻名を詠み込んだ耕雲による跋歌と耕雲の署名を記していることを一つの特徴としている。以上の跋歌に現れる巻名や巻序について、若菜下巻や雲隠の扱いについてはしばしば古い時代の巻序に現れるものであるが、貌鳥や法の師については余り例が無いものの、寺本直彦による「かつて宿木巻の後半部分は宿木とは別の貌鳥という巻であり、夢浮橋巻の後半部分は夢浮橋とは別の法の師という巻であった」とする説の根拠の一つになっている。耕雲本の特色の一つは各巻の巻末に耕雲による奥書を持つことである。この奥書の署名の名義は巻ごとに、また同じ巻でも写本ごとに細かく異なるが、なぜそのような異なりが生じるのかは不明である。耕雲本とされる伝本として以下のようなものが確認されている。

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