公益財団法人日本学生野球協会（にほんがくせいやきゅうきょうかい、英語表記：Japan Student Baseball Association）は、日本高等学校野球連盟と全日本大学野球連盟を傘下におく組織で、学生野球（大学野球及び高校野球）の監理組織である事業者団体である。主たる事務所は東京都渋谷区渋谷2丁目22番8号名取ビル9階。1903年に早稲田大学対慶應義塾大学のいわゆる早慶戦が始まり、1915年には全国中等学校優勝野球大会、1925年に東京六大学野球連盟がスタートすると日本国内に野球観戦のブームが訪れた。その結果、野球に対する熱狂的なファンなどが現れるとともにそうしたブームに乗って、大学生及び中等学校生の枠を超えた行為が見受けられるようになってしまった。そのため、文部省は1932年に訓令第4号、いわゆる野球統制令を発令し、学生野球を自らの統制下においた。第二次世界大戦終結後、野球統制令の廃止に向けて、学生野球側の自主監理組織として学生野球指導委員会を発足させ、自主的に学生野球の健全な発展が行われるように指導を開始した。その指導と文部省との折衝の結果、1946年に学生野球基準要項を定めることがきまり、日本学生野球協会が発足した。発足当時の構成組織は、全国大学野球連盟、全国高校野球連盟、全国専門学校野球連盟、全国師範学校野球連盟、全国中等学校野球連盟。1947年には文部省訓令第6号によって野球統制令が廃止され、名実ともに自主管理の体制が整った。日本学生野球協会は日本学生野球憲章および定款を定め、加盟校や加盟連盟がこれら諸規定違反を犯した場合にその処分を審査するための審査室が設置されている。これは前述のいわゆる野球統制令を経験した苦い過去を学生野球が持っているためで、自主監理の観点から設定されているものである。審査員は規則で室長を含め6名以上9名以内とされ、協会理事・監事・評議員が審査員を兼務することはできない。違反が発生した場合は以下の流れで審査が実施される。審査室による審査結果が厳しくなるのは野球統制令によって、外部組織からの著しい制約を受けてしまった過去があるためで、単なる感情論で批判してしまうのは難しい部分があるのは否定できない。しかし、新しい時代に合わせて考え方も変えていくべきだという主張も一理あるのは事実である。そのため、近年では速やかな報告が加盟校・連盟から上がってくる場合には警告に留めるケースが増えている。逆に、2000年代以降は2ちゃんねるなどの掲示板を見た一般外部者から通報されるなどして、直接審査室へ上がるケースが増えている。このような事例が発生した場合には審査室は情報公開の観点から厳しい処置を執ることが多い。しかし、審査室自体が議事録を非公開としている（審査室規程第5条）ため、加盟校へ速やかな情報公開を求めるのであれば審査室自体も議事録を公開するべきではないかという意見もある。また、憲章に違反する事項が発生して審査に入ると「高野連は出場可否の許認可権でもあるのか」という意見が登場することがある。前述の通り、審査を実施するのはあくまで協会審査室であり、出場停止などの処分を実施するのは日本学生野球協会会長である。日本高野連・全日本大学野球連盟は処分の方向性を決めて協会に上申するまでが仕事で、最終的な決定権限を持っていない。よって、こうした批判は学生野球のシステムそのものを理解していない記述であるといえる。審査の結果処分が決まった場合、個人に対する処分であれば「A高校の部長」または「B大学の監督」など、すべて匿名で発表される。しかし、プロ経験者や大学の指導者・部員ならほぼ無条件で、高校は全国大会出場か全国選手権地方大会の準決勝以上に進んだ学校であれば過去の試合のテレビ中継映像などで、処分対象者の実名が把握されてしまう。刑事事件により警察に逮捕されての処分であれば、マスコミ各社の報道で周知となるため、いくら協会が匿名で処分対象者を保護しようとしても意味を成さない。審査室のやり方に対し、江戸時代の五人組制度（相互監視・連帯責任）のようなことをするのは前時代的であり、自己責任に乗っ取った処分に方針を変えたほうがよいとの声が少なからずある。なお、過去には都道府県高野連の職員が汚職のため大量に処分されたこともある。その際出された処分はほとんどが減給や戒告止まりだったため、生徒（部員）には試合禁止などの厳しい処分をするのに職員には優しいのかという批判があがった。日本学生野球協会は各学生野球団体の上部団体として性格を持つとともに、私的独占の禁止及び公正取引の確保に関する法律第2条に掲げる事業者団体としての面をもっている。それによって、学生野球憲章の存在自体が、独占禁止法上の問題を引き起こしている。他の多くのスポーツ競技団体とは異なり、直接に日本オリンピック委員会や日本体育協会には加盟せず、独自の理念や規範に基づいて運営している。総合的な国際競技大会等への参加についての諸問題に関しては、上位に関連別団体との合同で別組織（全日本野球会議および全日本野球協会）を設立し、そこが加盟団体となることで対処している。

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