1999年のスーパーバイク世界選手権は、スーパーバイク世界選手権の12回目のシーズン。3月28日のキャラミで開幕し、10月10日のスポーツランドSUGOまで全13戦でタイトルが争われた。カール・フォガティが自身4度目のタイトルを獲得し、マニファクチャラーズ・タイトルはドゥカティが獲得した。

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