官軍（かんぐん）は、君主に属する正規の軍のこと。日本においては天皇及び朝廷に属する軍を指す。尊皇思想が根ざす日本史上において「天皇陛下の軍隊である」という意識は、軍全体の士気にも大きく影響した。対する言葉は「賊軍」。しかし、官軍・賊軍の立場はその状況次第で変動が激しく、天皇（朝廷）の勅書や後継をめぐる戦略が繰り返される傾向にある。江戸時代の民衆がこれを揶揄した狂歌「勝てば官軍 敗ければ賊よ 命惜むな 國のため」があり、後に「勝てば官軍、負ければ賊軍」といった諺も生まれている。後鳥羽上皇は鎌倉幕府を倒幕するため、北条義時を朝敵とする義時追討の宣旨が全国に発布され、諸国の守護人・地頭たちに、上皇の元に馳せ参じるよう命が出された。しかし、北条義時の嫡男である北条泰時を総大将とする幕府軍が京都を制圧し、官軍が敗北した（承久の乱）。幕府は後鳥羽上皇らを配流し、荘園を没収した。「官軍」の呼称が用いられていた例として著名なのは、戊辰戦争において新政府軍が旧江戸幕府軍を賊軍として討伐した際のものである。1868年（慶応4年）の鳥羽・伏見の戦い後、仁和寺宮彰仁親王を征討大将軍、有栖川宮熾仁親王を東征大総督に任じて諸道鎮撫使・諸道総督府などを各地に派遣した。この際、官軍は菊章旗（「錦の御旗」）を掲げた。鎮撫使や総督府には薩摩藩・長州藩・土佐藩などの雄藩の実力者が参謀などとして参加していた。官軍といっても実態は新政府側についた諸藩の軍と草莽の部隊によって構成され、大総督府がこれらの部隊を統制した。また、各地に民政局を設置して窮民保護を掲げて民衆に宣伝を行った。その一方で、窮民保護方針に基づく「年貢半減令」を伝達した赤報隊を偽官軍として弾圧したり、世直し一揆を鎮圧するなど、宣伝と矛盾する措置が行われたこともあった。

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