第二勇新丸（だいにゆうしんまる）は、共同船舶が所有している調査船（目視採集船）。反捕鯨団体シー・シェパードの妨害活動に対しては水産庁監視船（目視専門船の第2昭南丸）の派遣と海上保安官の同乗を行っている。2002年9月30日、内海造船で竣工。75mm捕鯨砲・鯨探機等を備える。2008年1月15日、シーシェパードの活動家2名（ベン・ポッツ、ジルス・レイン）が本船に不法侵入し拘束された。2名は17日にオーストラリアの税関巡視船「オセアニック・バイキング」に引き渡された。日本鯨類研究所 プレスリリース 【シーシェパード侵入者をオセアニック・バイキング号へ引き渡し完了】2008年1月18日

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