第46回全国大学ラグビーフットボール選手権大会は2009年12月20日から2010年1月10日にかけて開催された全国大学ラグビーフットボール選手権大会である。帝京大学が初優勝を果たした。第46回全国大学ラグビーフットボール選手権大会は、大会前から早稲田大学が同志社大学（第19回(1982年度)大会～第21回(1984年度)大会）以来の3連覇を達成できるかに注目が集まった。2回戦で早稲田大学は帝京大学と対戦した。試合は帝京大学が昨年の雪辱を果たし31-20で勝利し、早稲田大学はまたも悲願の3連覇達成はならなかった。決勝は東海大学と帝京大学で争われ、14-13の1点差で帝京大学が東海大学を降して初優勝を果たした。なお、どちらが勝っても初優勝となる決勝戦は第1回(1964年度)大会以来2回目のことであった。

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