この項目では、2013年シーズンの日本プロサッカーリーグ（Jリーグ）について述べる。2012年12月18日、大会方式の概要について発表された。今シーズンからJリーグクラブライセンス制度の本格運用がスタートし、前年の審査に基づいてクラブライセンスを取得したJ1・J2計40チームによるリーグ戦が行われる。このシーズンでは、若手選手の出場機会を増やすため、23歳以下の選手がディビジョン1からディビジョン2へといった具合に下のカテゴリーに属するクラブへ移籍する場合に限って、移籍の期間制限を1期限定で撤廃する試みを行うことが、前年10月31日に決められた。この年はシーズン中に1993年5月15日のJリーグ開幕から満20年を迎えたことから、前年同様様々な特別企画が行われてた。2013年シーズンのJ1は、J2から昇格したヴァンフォーレ甲府、湘南ベルマーレ、大分トリニータを加えた18クラブで争われた。2013年シーズンのJ2は、前年のJ1から降格したヴィッセル神戸、ガンバ大阪、コンサドーレ札幌と、JFLから加入したV・ファーレン長崎を加えた22クラブで争われた。レギュレーションにより、年間順位上位の京都サンガが決勝進出。レギュレーションにより、年間順位上位の徳島ヴォルティスが決勝進出。準決勝を共に引き分けて決勝に駒を進めた3位の京都と4位の徳島との対戦となった。試合立ち上がりからボールキープ率を高めて徳島ゴールに迫る京都と、後方でコンパクトな守備陣形を敷いてそこから一気にカウンターを狙う徳島という試合展開になった。京都は何度かゴール前に迫りながらも徳島がこれをしのぐ時間帯が過ぎたが、前半39分にコーナーキックのポールをDF千代反田充が頭であわせ、徳島が待望の先取点を得る。さらにその4分後には徳島MF藤原広太朗が前線に送ったロングボールをFW高崎寛之が頭でつなぐと、それが京都DF陣の間を駆け抜けたFW津田知宏に通り、津田がDFを振り切りながら足を伸ばすと、これが京都GKオ・スンフンの脇をかすめてゴール。徳島が前半のうちに2点を上げて有利な試合展開とした。昇格のためには2点が必要となった京都は繰り返し猛攻を続けるが、徳島DF陣が粘り強い守備を見せ最後までゴールを割らせず、そのまま試合終了。これにより、徳島ヴォルティスのJ1昇格が決定。京都は2年連続で年間順位3位としながらも昇格プレーオフで涙を飲んだ。なお、試合会場の国立霞ヶ丘陸上競技場は、新国立競技場への建て替えのために翌2014年夏から順次取り壊しされることが決まっており、この会場で行なわれる決勝戦は今回が最後となる。JFL 2位のカマタマーレ讃岐がクラブライセンス（J2ライセンス）を取得したことから、J2最下位のガイナーレ鳥取との入れ替え戦が行われた。2戦合計スコアが1-2となり、カマタマーレ讃岐のJ2昇格、ガイナーレ鳥取のJ3参入（降格）が決定した。Jリーグアウォーズは2013年12月10日に横浜アリーナで開催された。2014年度のJリーグクラブライセンス申請のうち、J2ライセンス以上については正会員40クラブ、準加盟のJFL3クラブ（町田・金沢・讃岐）の43クラブから申請があり、以下の通り43クラブすべてにライセンスが交付され、交付を却下されたクラブはなかった。また2014年度から新設されるJ3リーグ参加の条件となるJ3ライセンスについては2013年9月までに準加盟を承認された16クラブを対象に審査が行われ、13クラブにライセンスが交付された。クラブ名の後ろに「」が付いたクラブは新たに当該ライセンスを交付されたクラブ。なお、J1/J2ライセンスを取得したクラブのうち、B等級、特にスタジアムの屋根やトイレの数を充足していない30クラブに対してはFIB（クラブライセンス交付第一審機関）への文書提出を求める制裁処分を科した。また、経営改善を促す目的でFIBから「是正通知」を12クラブ（札幌、栃木、群馬、横浜FM、富山、名古屋、岐阜、神戸、北九州、熊本、大分、讃岐）に「個別通知」を5クラブに行った。このうち、「是正通知」とされた12クラブは「債務超過」、または「3期連続赤字経営」のいずれかの条件（特に群馬、横浜FM、神戸の3クラブはその両方）に当てはまる。

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