ファントムペイン（Phantom Pain）は、『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』及び『機動戦士ガンダムSEED C.E.73 -STARGAZER-』に登場する架空の特殊部隊。地球連合軍所属部隊としての正式名称は第81独立機動軍。秘密結社「ロゴス」に所属する「不正規特殊部隊」（原文ママ）である。地球連合軍内においてロゴスが直接その意思を反映するべく設立した私兵集団だとされる。創隊時期は明確でない。ブルーコスモスが「これまで、武力行使には地球連合軍に依存せざるをえなかった」ために作った組織だとされており、『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』及び『機動戦士ガンダムSEED C.E.73 STARGAZER』の舞台であるC.E.73年以前の戦争、すなわちシリーズ第1作『機動戦士ガンダムSEED』のC.E.70〜71年のヤキンドゥーエ戦役当時は存在していなかった模様である。しかし一方、ファントムペインのMSパイロット＝スウェン・カルバヤンの隊員としての訓練は幼少期〜ムルタ・アズラエル（71年に死亡）の存命期におこなわれていたことが、『機動戦士ガンダムSEED C.E.73 STARGAZER』劇中では描かれていた。表向きはブルーコスモスが管理する地球連合軍第81独立機動軍という名目となっているが、地球連合の批准している条約を彼らは批准しておらず、ユニウス条約で保有が禁じられた兵器も自由に装備する。構成員は、反プラント勢力に属する連合正規部隊と、強化兵士エクステンデッドを含むエリートパイロット等からなる。地球連合加盟国のさまざまな国籍の者がいるはずだが、作中ではユーラシアの攻撃に反対した者は確認されていない。「ブルーコスモスの潤沢な資金」力を後ろ盾としているため、一般部隊よりも先進的な武器を揃える事が可能であり、他隊から資材や人材などを自由に引き抜ける程の権限及び優先指揮権も与えられている。出自が非公然であるため当然のことながらファントムペイン独自の制服は無いが、ネオ・ロアノークは黒を基調とした制服を着用している。スティング・オークレー、アウル・ニーダ、ステラ・ルーシェ、ミューディー・ホルクロフトは、地球連合軍の士官候補生の青（男子用）もしくはピンク（女子用）の制服をベースに改造した物を着用していた。なお、「ファントムペイン」は英和意訳すると「見えざる痛み」、医学用語としては幻肢痛の意味を持つ単語であり、非公然の特殊部隊としては相応しい名前である。『機動戦士ガンダムSEED C.E.73 Δ ASTRAY』ではジブリールを始め、命令を与えるロゴス・ブルーコスモス派が壊滅した後も、前に受けた命令をそのまま守ってる兵士たちもいる。

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