東京文化財研究所（とうきょうぶんかざいけんきゅうしょ）は独立行政法人国立文化財機構の下部組織。東京都台東区上野公園に所在する。日本及び東洋の美術、伝統芸能、文化財の保存科学と修復技術について基礎研究を行い、博物館や美術館などからの要請に応じて技術指導や調査を行う。また中華人民共和国、大韓民国、タイ王国、ドイツ、米国などの文化財研究機関と広く学術交流も展開している。現所長は亀井伸雄（元文化庁文化財鑑査官）。1930年、黒田記念館内に設立された帝国美術院付属美術研究所を前身とする。初代所長は正木直彦。1947年国立博物館付属美術研究所となり、1954年東京国立文化財研究所と改称した。1968年文化庁附属機関となる（1984年からは施設等機関）。1990年、アジア文化財保存研究室が設置された。同室は1993年国際文化財保存修復協力室となり、1995年には国際文化財保存修復協力センターに発展、2006年に文化遺産国際協力センターに改称した。2000年、新庁舎が完成し、旧庁舎および黒田記念館から移転、黒田記念館には展示施設が整備された。2001年4月1日、奈良国立文化財研究所とともに独立行政法人文化財研究所（本部、奈良市）に統合された。2007年4月1日、独立行政法人文化財研究所は独立行政法人国立博物館と統合し、独立行政法人国立文化財機構が発足した。1924年に没した洋画家・黒田清輝（1866年～1924年）が遺産の一部を美術の奨励事業に役立てるよう遺言したことから、1928年に黒田記念館が竣工された（設計：岡田信一郎）。1930年には、同館に美術に関する学術的調査研究と研究資料の収集を目的として、現在の東京文化財研究所の前身である帝国美術院付属美術研究所が設置された。2000年に東京文化財研究所が新庁舎に移ったことに伴い、2階部分を中心に改修を行い、2001年9月に開館。記念館本館と書庫は、建造物として2002年に登録有形文化財に登録された。2007年4月の独立行政法人国立文化財機構発足に伴い、黒田記念館は東京国立博物館の管轄となっている。2012年4月から耐震補強の改修工事を行っていたが、2015年1月にリニューアルオープンされた。

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