専門農協（せんもんのうきょう）は、信用事業を行わず、畜産、酪農、園芸、有線放送電話といった特定の生産物の販売・購買事業・有線放送事業のみを行う農業協同組合。JA（農業協同組合・総合農協）とは別系統であり、一部の専門農協を除きJAグループではない。それぞれ全国連・県連・単協の組織系統があるが、近年単協や県連の総合農協との合併等により、各系統の会員関係は互いにクロスオーバーしている場合も見られる。信用事業(JAバンク)についても、行っているところとそうでないところが存在する。東京島しょ農業協同組合のように、信用事業を廃止した組合についても、専門農協に括られる（同組合の場合は、信用事業を譲受した都信連が、2箇所に代理店を委託させて地域の信用事業機能を維持させる形をとった）。例として地域農協と合併した専門農協の場合、合併後に専門農協機能を○○部会という名称で業務を引き継がせており、JAグループの地域農協であると同時に専門農協としての機能を有する農協となっている。

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