薬師堂駅（やくしどうえき）は、秋田県由利本荘市薬師堂にある、由利高原鉄道鳥海山ろく線の駅である。無人駅である。単式1面1線のホームを持つ地上駅。西側に並行する羽越本線側に、駅舎とホームあり。駅に向かうには、羽越線側（矢島街道踏切）からも、鳥海山ろく線側（薬師道踏切）からも踏切を渡って向かう。老朽化した初代駅舎が2009年8月に解体され、同年10月にバリアフリー化された新駅舎に建て替えられた。当駅より羽後本荘方では、鳥海山ろく線が羽越本線と並行しているが、羽越本線の駅が設けられたことはない。

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