船長（せんちょう、captain）とは、特定の船舶の乗組員で、船舶の指揮者であるとともに船主の代理人として法定の権限を有する者。日本では軍艦（自衛艦）の長を艦長と称している。ヨットにおいては艇長（ていちょう）あるいはスキッパー（）と称することもある。船長は船舶の運航指揮者という航行組織上の地位と海上企業主体の代理人という企業取引組織上の地位の二面性を有する。服制は、上着の袖章または肩章の四条の線をもって船長の職位を表すことが多い。船長は海上企業主体（船主もしくは船舶賃借人）によって選任される。船舶共有の場合は船舶管理人が選任を行う（）。船長には航行区域と船舶の大きさに従って船舶職員及び小型船舶操縦者法に定める有資格者のうちから選任しなければならない。船長がやむを得ない事由により自ら船舶を指揮することができないときは法令に別段の定めがある場合を除いて他人を選任して自己の職務を行わせることができ（前段）、これを代船長という。この場合においては船長はその選任につき船舶所有者に対して責任を負う（商法707条後段）。また、船長が死亡したとき、船舶を去ったとき、又はこれを指揮することができない場合において他人を選任しないときは、運航に従事する海員は、その職掌の順位に従って船長の職務を行う（船舶法20条）。これを代行船長というが、代行船長は厳密な意味での船長ではない。船長は雇用契約の終了事由によりその地位を失うほか、船舶所有者は何時でも船長を解任することができる（1項本文）。ただし、正当な理由なく解任したときは船長は船舶所有者に対し解任によって生じた損害の賠償を請求することができる（1項但書）。大日本帝国海軍における「艦長」とは、軍艦外務令の艦艇内において定められた狭義の軍艦の指揮官で（階級は大佐もしくは中佐）、これらの艦首には菊花紋章がつけられていた。軍艦に含まれていない駆逐艦や潜水艦などの指揮官は「長」と呼ばれ（階級は中佐もしくは少佐）、駆逐艦長や潜水艦長と言うのが正式な呼称であった。後者の場合、艦長と同列の指揮官は駆逐隊司令や潜水隊司令となった。海上自衛隊における艦長について解説すると、自衛艦乗員服務規則においては、「艦長は、1艦の首脳である。艦長は、法令等の定めるところにより、上級指揮官の命に従い、副長以下乗員を指揮統率し、艦務全般を統括し、忠実にその職責を全うしなければならない。」（自衛艦乗員服務規則第3条）と謳われている。また、自衛艦が遭難等で沈没する際も艦長は先に退艦することが許されず、「艦長は、遭難した自艦を救護するための方策が全く尽きた場合は、乗員の生命を救助し、かつ、重要な書類、物品等を保護して最後に退艦するものとする。」（自衛艦乗員服務規則第34条第1項）とされる。

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