プトレマイオス13世（, 紀元前63年 - 紀元前47年）は、エジプトのヘレニズム国家プトレマイオス朝のファラオ。プトレマイオス12世の子で姉にベレニケ4世、クレオパトラ7世、アルシノエ4世、弟に。父の遺言により姉クレオパトラ7世と7歳でエジプトを共治。幼いプトレマイオス13世は宮廷官人に奉られ、姉を追放しエジプトを統治しようと内戦を起こす。一時は首都アレクサンドリアを掌握し姉を追放したが、ローマの将軍グナエウス・ポンペイウスを殺害した事でローマの介入を招き、姉を支持したガイウス・ユリウス・カエサルによって殺害される（ナイルの戦い）。異説に「戦争によって追い詰められ、船から転落して鎧の重さで浮き上がれず溺死」というものがある。

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