1999年のJリーグは、Jリーグ ディビジョン1（J1）が3月6日に開幕、11月27日にリーグ戦の日程を終了し、12月4日・12月11日にチャンピオンシップが行われた。Jリーグ ディビジョン2（J2）は3月14日に開幕、11月21日に閉幕した。J1の優勝クラブは1stステージがジュビロ磐田、2ndステージが清水エスパルスで、チャンピオンシップにより決定された年間総合優勝はジュビロ磐田。J2の優勝クラブは川崎フロンターレ。このシーズンは、Jリーグが2部制に移行し、J1とJ2の入れ替えが行われた最初のシーズンである。前年のJリーグ18チームから、横浜マリノスと合併した横浜フリューゲルス（横浜F・マリノスとして参加）、ならびにJ1参入決定戦の結果によりJ2参入となったコンサドーレ札幌を除いた16チームにより争われた。前年同様2ステージ制を導入し、優勝は前後期の優勝チーム同士によるチャンピオンシップにより決定した。また、年間順位の下位2チームがJ2に自動降格となった。上位2チームはJリーグチャンピオンシップの結果により順位が確定する。2位までは各ステージの優勝チームとなるため、年間勝ち点の順位と一致しないケースが生じる（磐田は年間勝ち点では6番目に相当する）。J2初年度となった今シーズンは、J1参入決定戦でJ1参入を果たせなかったコンサドーレ札幌と川崎フロンターレ、1998年のJFLからJ2参入を希望した8チームの計10チームにより争われた。J1と異なり通年制（4回戦総当たり）で行われ、上位2クラブがJ1へ自動昇格することになった。J1リーグ年間総合15位の浦和レッドダイヤモンズ、同16位のベルマーレ平塚がJ2へ自動降格した。J2リーグ優勝の川崎フロンターレ、同2位のFC東京がJ1へ自動昇格した。

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