1966年に国立移管され、神戸大学農学部の母体となる。1969年に廃止された。設立当初の校地は、兵庫県立医科大学予科の学舎として利用されていた篠山の陸軍歩兵第七連隊兵舎跡に設置された。神戸大学への統合後、農学部キャンパスは1967年10月までに六甲台への移転を完了し現在に至っている。農大跡地には現在三井ミーハナイト・メタル篠山工場が立てられ、近くの兵庫県総合庁舎側の道路脇に「兵庫農科大学発祥之地」の記念碑が立てられている。

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