複合タンパク質（ふくごうたんぱくしつ、）は、タンパク質の分類の一つで、加水分解によりアミノ酸以外にも他の化合物を生成するタンパク質のことである。ムチン、ヘモグロビン、カゼインなどがそれに該当する。複合タンパク質は、非アミノ酸部分における化学的な性質により以下の種類に分類される。

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