伊号第三十九潜水艦（いごうだいさんじゅうくせんすいかん、旧字体：伊號第三十九潜水艦）は、大日本帝国海軍が運用した伊十五型潜水艦（巡潜乙型）の20番艦。第四次海軍補充計画によって建造が承認され、佐世保海軍工廠で建造された。1943年（昭和16年）4月22日竣工。竣工後、訓練を行い、1943年8月1日から南太平洋で通商破壊の任務につき、9月12日に曳航船ナヴァジョーを撃沈した。9月25日に航空攻撃を受けて損傷したため、トラック島で修理を受けた。11月25日の敵艦隊攻撃の報を最後に消息不明となり、翌26日、マキン島周辺海域においてアメリカ海軍フレッチャー級駆逐艦「」の爆雷攻撃によって撃沈された。1944年（昭和19年）2月20日沈没認定され、4月30日に除籍。

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